计算化学公社

标题: 7r32服务器运行CP2K时，内核绑定出现错误 [打印本页]

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Author: kaikai 时间: 2024-9-5 16:24
标题: 7r32服务器运行CP2K时，内核绑定出现错误
本帖最后由 kaikai 于 2024-9-5 16:23 编辑

最近购买了2台7R32双路服务器，配置是按照卢老师推荐的，只是其中主板更换为超微，目前进行CP2K计算时，发现当运行2个48核心进行计算时，出现部分CPU使用率低的情况。后面按照卢老师的方法进行内核绑定通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)，尝试使用rankfile来绑定内核，但是遇到了一些问题，cpu1.txt文件如下，运行命令mpirun -np 48 -rf cpu1.txt cp2k.popt MFI.inp，但是报错，报错如下图所示。后面按照同时运行两个CP2K程序的计算速度问题 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)博主的方式，将命令改为mpirun -np 48 --cpu-list 0-47 cp2k.popt MFI.inp运行任务，虽然绑定cpu，但是仍然会显示部分CPU使用率低的情况，目前存在几个问题，麻烦各位老师解答
1、绑定cpu的文件是按照帖子的格式书写的，应该是没有问题，但是依然会报错，问题出在哪里？如果存在问题，里面的格式应该怎么修改？
2、将cpu.txt文件书写好后，不需要其他的操作，例如给权限，书写到配置文件中？？？就是直接使用，命令直接就是mpirun -np 48 -rf cpu1.txt cp2k.popt MFI.inp
3、后续绑定cpu成功后，在计算任务的时候，理论上是不是应该CPU利用率接近100%

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Author: kirSTY 时间: 2024-9-5 17:04
txt文件“slot=0: 0”冒号后边有空格，把文件里面多余空格删掉试试？

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Author: Entropy.S.I 时间: 2024-9-5 17:30
如http://bbs.keinsci.com/thread-40077-1-1.html 所示，使用--map-by参数，精准mapping进程和线程，以最大程度减少CCX之间通信开销。另外，单节点多任务的情况，请务必使用slurm调度，并正确配置cgroup、socket、defmempercpu等插件/参数，以获得正常的性能和最优使用体验。

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Author: kaikai 时间: 2024-9-5 19:03

kirSTY 发表于 2024-9-5 17:04
txt文件“slot=0: 0”冒号后边有空格，把文件里面多余空格删掉试试？

好的，谢谢您，我尝试一下

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Author: kaikai 时间: 2024-9-5 19:04

Entropy.S.I 发表于 2024-9-5 17:30
如http://bbs.keinsci.com/thread-40077-1-1.html 所示，使用--map-by参数，精准mapping进程和线程，以最大 ...

谢谢您的解答，我会认真读一下，尝试操作一下

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