计算化学公社

标题: 请教能量的具体含义: 伞形采样/MetaD计算的自由能和 gmx energy计算的相互作用能 [打印本页]

作者
Author: Cloudince 时间: 2024-9-6 11:08
标题: 请教能量的具体含义: 伞形采样/MetaD计算的自由能和 gmx energy计算的相互作用能
我的模拟体系是团簇A+团簇B+水+离子
[1]使用伞型采样法计算自由能，定义的两个拉伸组分别是团簇A和团簇B，反应坐标是distance，首先进行牵引模拟得到牵引构象，然后将构象按距离分成若干个窗口，对每个区间进行采样，最后通过WHAM计算自由能。
[2]采用Metadynamic方法计算自由能，使用PLUMED插件，定义团簇A的质心为虚拟原子com1，定义团簇B的质心为虚拟原子com2，定义的CV是com1和com2的质心距离，然后进行MetaD模拟，模拟结束后使用sum_hills工具计算自由能。
[3]从Metadynamic模拟得到的轨迹中提取了仅含团簇A和团簇B中原子的轨迹，使用gmx mdrun -rerun来获得重跑一遍轨迹，将重跑得到的edr文件使用gmx energy计算相互作用能，再统计时间-距离关系，整理得到相互作用能-距离的数据。

对于这三种方法计算得到的能量的含义，我的理解如下：[1][2]得到的是在团簇A和B的不同距离下整个体系(包括水和离子)的自由能的相对大小，能直接体现体系的稳定性和团簇间距的关系；[3]得到的是团簇A和团簇B之间的相互作用能的绝对大小与距离的关系，不能直接说明体系的稳定性。
不知道我理解得对不对，请各位老师批评指教！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)