老师们好,我在用lammps使用reaxff力场模拟热解过程,模拟开始分子就全散开了,第0帧也就是原始的结构还保持线性结构,第一帧(1000fs)就全部散开了,这是怎么回事呢?
我是这么做的:
1. 首先用gaussview建立有机高分子模型(PP,聚丙烯,64个重复单元),然后用xtb在GFN2-xtb2进行了结构优化
2.将优化后的结构使用packmol建立了100*100*100的立方盒子,填充了40个分子(填充了20/30/15个分子也还会这样散开),保存pdb格式
3.将产生的盒子模型导入到vmd中,通过
mol bondsrecalc top
topo retypebonds
topo guessangles
mol reanalyze top
topo writelammpsdata <filename> charge
命令产生data命令,期间也只尝试topo writelammpsdata <filename> charge命令生成过data文件,分子还是会散开
4.通过产生的data文件,结合lammps中reaxff文件中的关于C、H、O、N、S元素的力场文件,Guo W, Fan K, Guo G, et al. Atomic-scale insight into thermal decomposition behavior of polypropylene: A ReaxFF method[J]. Polymer Degradation and Stability, 2022, 202: 110038.
HE X, CHEN D. ReaxFF MD study on the early stage co-pyrolysis of mixed PE/PP/PS plastic waste[J]. Journal of Fuel Chemistry and Technology, 2022, 50(3): 346-356.
根据这两篇文献中的方法,但是无论是npt还是nvt都会散开,data文件、前面几帧的xyz文件、dump文件已经上传网盘。
通过百度网盘分享的文件:dump-traj-data.zip
链接:https://pan.baidu.com/s/1S9A3CR-GQ4JDfHv3_LTD3w?pwd=alwr
提取码:alwr