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标题: 将分子分割成片段进行构象搜索的问题 [打印本页]

作者
Author: nanadoudou 时间: 2024-9-6 14:37
标题: 将分子分割成片段进行构象搜索的问题
请教大家一个问题：

实验室有一个标记物（类似间三联苯，即三个平面，并且H原子的位阻也比较相似），标记在核糖的C1'上；我们要对该标记物建立Rotamer library（实际上，就是对分子进行系统式搜索）；
该体系仅有3个可以旋转的二面角（标记物上有两个，标记物和核糖连接部分有一个）

由于要搜索的比较详细，实验室师兄的做法是，将标记物分成三个部分（每个部分是由单键进行连接的）
每个部分根据连接的键进行二面角的搜索，每两度搜索一个构象，那么只需要优化：180*3个结构即可；
而如果直接用整个分子进行搜索的话，不仅体系大，优化的结构还多：180^3

根据计算出的能量进行对结构出现的概率进行加权，
我想问的是，这样做合理吗？拆分之后计算出的能量分布进行加权是否足够精确？

谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-6 16:44
没具体结构没法准确回答
能分片段处理的前提是被旋转的部分之间的耦合足够小（不同二面角下它们的相互作用的差异不会对整体能量有严重影响）

作者
Author: nanadoudou 时间: 2024-9-7 14:53
感谢Sob老师的回答。

图片是实验室的是标记物标记在核糖上的结构示意图。
环结构上连接的基团也较少，不会有直接的越过环的相互作用，感觉是可以进行分片段计算的。

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