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标题: 高斯ADMP动力学片段质心动能如何计算 [打印本页]

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Author: 柯柯爱喝热可可 时间: 2024-9-6 15:48
标题: 高斯ADMP动力学片段质心动能如何计算
高斯分子动力学最后输出的动能随时间的变化是每个原子的振动能加在一起得到的吗？这个动能是由所有原子质权速度的平方除以2的和得到的吗？我尝试算了一下，跟高斯输出的动能差了一个常数，乘以这个常数才能得到高斯输出的动能，是我上面那样算遗漏了什么常数项吗
如果我想要得到某个片段的动能，比如这个片段里有4个原子，是应该把这4个原子每个方向上的质权速度分别乘以它对应的原子质量的开根，得到每个原子每个方向的动量，然后直接加和得到片段每个方向的动量，再利用得到的片段动量去计算片段动能吗？
高斯BOMD有直接定义解离路径以及解离片段的功能，ADMP是没有这样的功能吗，我试了一下bomd里定义路径和片段的关键词在ADMP里会报错。不知道我描述的清不清楚，希望有人指点一下，谢谢！

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