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标题: NAMD多副本的运行需要哪个版本 [打印本页]

作者
Author: 氪铷锶钇 时间: 2024-9-7 16:41
标题: NAMD多副本的运行需要哪个版本
请问各位老师，要进行NAMD的多副本运行诸如计算结合自由能，如果不从源代码构建（新手小白实在安装不明白）一定要用netlrts版本吗？这版是和multicore版本一样解压后就可以直接用还是需要使用charmrun？
需要的环境依赖有哪些？

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-9-8 13:07
netlrts版，解压就可以运行，具体看NAMD文档

作者
Author: 氪铷锶钇 时间: 2024-9-9 08:57

fhh2626 发表于 2024-9-8 13:07
netlrts版，解压就可以运行，具体看NAMD文档

老师您好，我用了netlrts版，但是在仅使用namd时：
命令：namd2 +replicas 16 fep_solv.conf --source FEP_remd_softcore.namd +stdout output_solv/%d/job0.%d.log
报错：Segmentation fault (core dumped)
------- Partition 0 Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------
Reason: Number of partitions does not evenly divide number of processes. Aborting
如果使用charmrun：
命令：charmrun ++p 16 namd2 +replicas 16 fep_solv.conf --source FEP_remd_softcore.namd +stdout output_solv/%d/job0.%d.log
报错：Charmrun> scalable start enabled.
Permission denied (publickey,gssapi-keyex,gssapi-with-mic,password).
是我的charmrun权限有问题吗？还是我的命令有问题？

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-9-9 09:59

氪铷锶钇发表于 2024-9-9 08:57
老师您好，我用了netlrts版，但是在仅使用namd时：
命令：namd2 +replicas 16 fep_solv.conf --source F ...

保证从提交作业的节点可以无密码ssh到目标节点（包括localhost）

作者
Author: 氪铷锶钇 时间: 2024-9-9 15:04

fhh2626 发表于 2024-9-9 09:59
保证从提交作业的节点可以无密码ssh到目标节点（包括localhost）

老师请问具体如何操作啊？我试过关掉防火墙，先ssh到localhost都不行，charm++手册里设置.ssh/authorized_keys的方法我也试过了，但用charmrun namd还是同样的报错，如果不用charmrun报错如下：
(base) [lbr@localhost ~]$ namd2 +autoProvision +replicas 16 fep_solv.conf --source FEP_remd_softcore.namd +stdout output_solv/%d/job0.%d.log
Charm++: standalone mode (not using charmrun)
Charm++> Running in SMP mode: 1 processes, 55 worker threads (PEs) + 1 comm threads per process, 55 PEs total
Charm++> The comm. thread both sends and receives messages
------- Partition 0 Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------
Reason: Number of partitions does not evenly divide number of processes. Aborting

[0] Stack Traceback:
  [0:0] namd2 0x1536c75
  [0:1] namd2 0x5401cc
  [0:2] namd2 0x5315c2
  [0:3] libc.so.6 0x7f20faefb555 __libc_start_main
  [0:4] namd2 0x418e65
Segmentation fault (core dumped)
好像也不行，我用的是NAMD_2.14_Linux-x86_64-netlrts-smp-CUDA版本，烦请老师帮我看一下，十分感谢！

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-9-10 10:09

氪铷锶钇发表于 2024-9-9 15:04
老师请问具体如何操作啊？我试过关掉防火墙，先ssh到localhost都不行，charm++手册里设置.ssh/authorized ...

google搜ssh免密登录

作者
Author: 氪铷锶钇 时间: 2024-9-12 18:02
已解决，谢谢老师
分享一下解决办法：
https://blog.csdn.net/jeikerxiao ... 9#comments_31676927
https://blog.csdn.net/one__leaf/article/details/128345046
两个博客内容结合使用

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