计算化学公社

标题: G16 C.01 有机分子的opt+freq任务闪退 [打印本页]

作者
Author: AndrewX 时间: 2024-9-9 13:57
标题: G16 C.01 有机分子的opt+freq任务闪退
输入文件和log末尾如图所示，计算莫名exit，共提交6个任务，全部exit，换成一个个提交也只有一个任务正常结束，剩下的都是中途exit，求老师解惑。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-9-9 14:20
（1）如果用的是64位Gaussian软件，内存和核数要合理指定，例如32核64GB（视机器配置实际情况而定）。不要像用32位Gaussian那样抠抠搜搜，4核4GB也太少了。
（2）输入文件写#p，而非#。
修改完后，提交1个任务，若有报错，截图报错信息来提问。

作者
Author: AndrewX 时间: 2024-9-9 15:14

zjxitcc 发表于 2024-9-9 14:20
（1）如果用的是64位Gaussian软件，内存和核数要合理指定，例如32核64GB（视机器配置实际情况而定）。不要 ...

老师您好，机器配置为 24核140GB内存，按您说的，修改后的输入和输出如图

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-9-9 15:28

AndrewX 发表于 2024-9-9 15:14
老师您好，机器配置为 24核140GB内存，按您说的，修改后的输入和输出如图

不要抠门，如果这台机器只有你一个人用，只有1个任务在跑，应该24核140GB内存全部占用。既然已经提交那就算了，目前输出内容看起来没有问题，正在计算中。

作者
Author: AndrewX 时间: 2024-9-9 16:07

zjxitcc 发表于 2024-9-9 15:28
不要抠门，如果这台机器只有你一个人用，只有1个任务在跑，应该24核140GB内存全部占用。既然已经提交那就 ...

老师，并没有在计算中，截图时已经exit了，另外还有问题想请教老师，机器是租的上海超算，我是普通账户，用webV*N的方式登录命令行提交任务，一开始是没办法提交任务，然后工程师让输入以下命令：
export g16root=/public/home/users/jxcc001
export GAUSS_SCRDIR=/public/home/users/jxcc001/scratch
source ~/g16/bsd/g16.profile
后来发现每次登录都要输入一次才能提交任务，这就很蛋疼了，这个难道不是root用户在.bashrc里输一下的事吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-9-9 16:31
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-9-9 16:33 编辑

AndrewX 发表于 2024-9-9 16:07
老师，并没有在计算中，截图时已经exit了，另外还有问题想请教老师，机器是租的上海超算，我是普通账户， ...

如果任务很快就停止，应该尽量保留报错信息，比如屏幕上是否有报错信息，高斯log文件里是否有报错信息，队列系统是否有日志文件。没有报错信息=大家在一起瞎猜，猜到猴年马月。

如果不确定任务是否已经停止了，可以运行ps aux|grep $USER查看是否有相应的进程（注意此命令仅适用于计算任务提交至当前节点进行计算然后查询进程。若计算任务是提交到集群队列，每种队列有相应的查询任务方式）。

你可以在自己的~/.bashrc文件里写Gaussian环境变量。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-9 19:36

AndrewX 发表于 2024-9-9 16:07
老师，并没有在计算中，截图时已经exit了，另外还有问题想请教老师，机器是租的上海超算，我是普通账户， ...

既然你是用命令行来提交任务，那应该有提交任务的脚本才对

这些

export g16root=/public/home/users/jxcc001
export GAUSS_SCRDIR=/public/home/users/jxcc001/scratch
source ~/g16/bsd/g16.profile

复制代码

直接写到提交任务的脚本里，不要写到 ~/.bahsrc 里

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)