计算化学公社

标题: CI-NBE计算任务无法运行的问题咨询 [打印本页]

作者
Author:
HanC    时间: 2024-9-10 11:36
标题: CI-NBE计算任务无法运行的问题咨询
sob老师,各位老师好!学生遇到了在租的服务器上无法进行CI-NBE计算的问题:
  在完成了起始结构和产物结构后,今天首次尝试了CI-NBE的计算以搜索过渡态并获得其能量。但是出现了无法在服务器上运行的情况,并对可能存在的问题进行了排除。
  1.最可能存在的爆内存的问题,在输出结果中也给予了相关提示:
            BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
            RANK 0 PID 18507 RUNNING AT node14
            KILLED BY SIGNAL:9 (Killed)

      为保证不出现爆内存的情况,特把NPROC_REP调大,但出现了  “并未出现报错,但无法进行计算”的问题。非常疑惑,特向各位老师请教可能出现的问题,为什么无法进行计算。
  2.排除租的服务器的问题: ① 进行了其他任务的计算(如:几何优化任务),其计算可以正常进行,并未出现无法计算的情况
                                         ② 利用sob老师在CP2K培训班中所讲的算例, "质子穿过石墨烯"进行计算,调大NPROC_REP后,在服务器上可以正常计算,不会出现无法进行的情况。
  在咨询服务器客服无果、调整模型、调大NPROC_REP和排除服务器问题后,向各位老师请教,是否遇到过相同问题,对解决该问题应该如何着手进行?
  感谢各位老师,期待各位老师的回复。

作者
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Dempey    时间: 2024-9-10 14:43
查看你的压缩包中NEB-BAND01.out,这个文件最后有报错:
  1. *******************************************************************************
  2. *   ___                                                                       *
  3. *  /   \                                                                      *
  4. * [ABORT]                                                                     *
  5. *  \___/    Illegal combination of periodicity and Poisson solver periodic3d  *
  6. *    |                                                                        *
  7. *  O/|                                                                        *
  8. * /| |                                                                        *
  9. * / \                                               pw/pw_poisson_types.F:208 *
  10. *******************************************************************************
复制代码

这是因为你的&FORCE_EVAL/&DFT/&POISSON中PERIODIC、PSOLVER设置不匹配,你可以完全使用Multiwfn生成输入文件。你可以使用MT的PSOLVER,但是需要足够的真空层,或者把&FORCE_EVAL/$SUBSYS/&CELL中的PERIODIC设置为XYZ,&FORCE_EVAL/&DFT/&POISSON中PERIODIC、PSOLVER设置为XYZ和PERIODIC。
作者
Author:
HanC    时间: 2024-9-10 14:58
Dempey 发表于 2024-9-10 14:43
查看你的压缩包中NEB-BAND01.out,这个文件最后有报错:

这是因为你的&FORCE_EVAL/&DFT/&POISSON中PERIO ...

  非常感谢老师您的回复,受益匪浅!
  经验缺乏,我只检查了最后的结果文件,不清楚检查前面的out文件可以查到报错的可能,非常感谢!
  按照老师的您所说的,已经可以运行了,非常感谢。




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