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标题: 求助，如何做含过渡金属的配体和蛋白受体之间的共价对接和分子动力学模拟 [打印本页]

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Author: 沈冬杭 时间: 2024-9-10 18:13
标题: 求助，如何做含过渡金属的配体和蛋白受体之间的共价对接和分子动力学模拟
本帖最后由沈冬杭于 2024-9-10 19:56 编辑

各位老师好，最近想做下图这一类化合物的分子对接以及动力学模拟，其中左边的DOTA部分需要螯合金属离子比如Ga、Lu、Y等，右边是靶向药物分子
1. 我们主要是使用Schrodinger做分子对接，但是发现OPLS4力场好像不包含这些重金属，请问如何优化一系列配体结构并做分子对接。文献里用的是GOLD，不过我们组没有买license，想试试其他的对接软件。
2. 同时FAPI和蛋白是共价结合（氰基和Ser反应），之前用过AMBER做过非共价结合的MD，因为这个化合物是共价结合的，应该就是作为非标准氨基酸残基处理吧。

就是想重复一下下面这篇文献中分子对接和分子动力学模拟的部分
文献：https://doi.org/10.1038/s41586-024-07461-6

谢谢各位老师！

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