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标题: 求助：已有XYZ轨迹文件，如何用VMD输出小分子的数量和类型，比如说TCL脚本 [打印本页]

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Author: pumpkin111 时间: 2024-9-10 18:50
标题: 求助：已有XYZ轨迹文件，如何用VMD输出小分子的数量和类型，比如说TCL脚本
本帖最后由 pumpkin111 于 2024-9-10 18:51 编辑

@sobereva 请问sub老师，我拜读了您写的部分关于VMD操作的文章，特别是连接关系的判断和设置问题，以及原子选择语句的语法和例子，但还是没能理解怎么用VMD输出小分子的数量和类型，要通过TCL脚本实现吗？我是用LAMMPS做MD模拟，力场文件是机器学习训练得到的，体系只有CHO三种元素，轨迹文件是xyz文件。想要输出的是小分子产物（比如H2O  H2  CO2  CO等）的数量和类型随时间的变化，以及能否得到删除指定小分子产物后的轨迹文件，感谢老师！
具体想要得到的species文件是这样的格式：
#Timestep    No_Moles    No_Specs    H6C3O1    Ag
0       65       2       1       64
#Timestep    No_Moles    No_Specs    H6C3O1    Ag
1       65       2       1       64
#Timestep    No_Moles    No_Specs    H6C3O1    Ag
2       65       2       1       64
#Timestep    No_Moles    No_Specs    H6C3O1    Ag
3       65       2       1       64
#Timestep    No_Moles    No_Specs    H6C3O1    Ag
4       65       2       1       64

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-11 00:08
用VMD干这事需要写脚本

对于lammps的反应动力学的轨迹也有现成的程序可以做成份分析
参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

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