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标题: 怎么在一台电脑上同时装两个不同版本的gromacs [打印本页]

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Author: Sunca 时间: 2024-9-12 19:33
标题: 怎么在一台电脑上同时装两个不同版本的gromacs
电脑上装了2024版本的gromacs，计算能量想用cutoff-scheme= group，于是想装一个2019版本的，怎么安装让rerun时调用2019版本而不是2024版本呢

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Author: student0618 时间: 2024-9-12 19:39
source /WHERE/IS/GROMACS/2019.x/bin/GNXRC

either source it every time (my usual practice, I have many versions so I don't have the line in my ~/.bashrc), or edit your ~./bashrc to change the version (if you put that line in your ~/.bashrc for 2024)

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Author: Santz 时间: 2024-9-12 20:21
spack
lmod
Environment Modules

作者
Author: FrancisCho 时间: 2024-9-13 09:17
我是因为要使用PLUMED，这个要在编译GMX之前先patch一下GMX源文件，由于我当时已经安装好了GMX2024.1，所以又重新下载了GMX2022.4，使用PLUMED先patch了2022.4的源文件，再将GMX2022.4安装到另一个文件夹，最后在/.bashrc中alias一下，比如说2022.4的“gmx”我用“gmxp”来代替，这样做的不方便之处在于不能使用Tab键补全GMX的命令（grompp，mdrun之类）

作者
Author: NEW12138 时间: 2024-10-25 21:56

FrancisCho 发表于 2024-9-13 09:17
我是因为要使用PLUMED，这个要在编译GMX之前先patch一下GMX源文件，由于我当时已经安装好了GMX2024.1，所以 ...

您好，我也是想用plumed，可以请教您安装的一个问题吗。因为之前安装gromacs-23.4版本的时候自动安装在了/usr/local/gromacs/目录下，如果我想再安装gromacs的另一个版本，这个时候在cmake的时候指定另一个安装目录比如/usr/local/gromacs-24/,然后alias gmxp=/usr/local/gromacs-24/bin/gmx就可以了是吗，请问这个时候还需要-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON还有DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA这些语句吗，这是第一次编译的时候用的。因为是初学者，有些地方不太了解，希望能够得到您的解答，非常感谢！

作者
Author: FrancisCho 时间: 2024-10-26 08:21

NEW12138 发表于 2024-10-25 21:56
您好，我也是想用plumed，可以请教您安装的一个问题吗。因为之前安装gromacs-23.4版本的时候自动安装在了 ...

国庆期间我重装了三次系统，所以重装了三次GMX，最后一次重装我发现，当你已经忘了先安装PLUMED后安装GMX而先安装了GMX时，你可以去安装PLUMED，然后回到Gromacs的解压缩文件夹，plumed patch -p，选择对应GMX版本，然后重新

cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw3310
cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2024.3 -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.6 -DCMAKE_CUDA_ARCHITECTURES=89 -DCMAKE_CUDA_COMPILER="/usr/local/cuda-12.6/bin/nvcc
make install -j

复制代码

（以上是我课题组工作站安装GMX的代码）
如果是有使用不同版本GMX的需求（跑官方的Umbrella Sampling教程时官方直接给tpr文件，需要使用较老版本的GMX才可以直接以tpr文件运行模拟），可以安装不同版本的GMX。我印象中（24年7月安装的2022.4版本）我安装旧版本时的步骤和安装新版本的步骤一致，只是安装在不同的文件夹中，建议加上您写的那些命令，不然像我之前安装完GMX后才发现MPI未安装，后续解决起来很麻烦。
望对您的科研工作的准备阶段提供一些帮助。

作者
Author: NEW12138 时间: 2024-10-26 11:04

FrancisCho 发表于 2024-10-26 08:21
国庆期间我重装了三次系统，所以重装了三次GMX，最后一次重装我发现，当你已经忘了先安装PLUMED后安装GMX ...

谢谢您详细的回答，想和您再确认一下，这个alias的路径是欧克的吗“alias gmxp=/usr/local/gromacs-24/bin/gmx”

作者
Author: FrancisCho 时间: 2024-10-27 10:29

NEW12138 发表于 2024-10-26 11:04
谢谢您详细的回答，想和您再确认一下，这个alias的路径是欧克的吗“alias gmxp=/usr/local/gromacs-24/bi ...

我使用

which gmx

复制代码

看了一下是那个路径，所以应该是的。你source ~/.bashrc后随便跑一个mdp任务，会显示gmx的版本的，如果显示with PLUMED就对了

作者
Author: abin 时间: 2024-10-27 11:17
2楼给出了切实可行的操作方案;

3楼给出了最方便的策略.

对于以上解决方案, 都视而不见. 哈哈

作者
Author: NEW12138 时间: 2024-10-27 20:35

FrancisCho 发表于 2024-10-27 10:29
我使用看了一下是那个路径，所以应该是的。你source ~/.bashrc后随便跑一个mdp任务，会显示gmx的版本的， ...

感谢！

作者
Author: NEW12138 时间: 2024-10-27 20:58

abin 发表于 2024-10-27 11:17
2楼给出了切实可行的操作方案;

3楼给出了最方便的策略.

谢谢您的回复，因为4楼帖子是最接近我现在面临的情况，所以偷懒没有思考更多的东西，不过听您的建议，我都会试一下

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