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标题: 求助：求解析键级信息并输出分子式的python脚本分享 [打印本页]

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Author: pumpkin111 时间: 2024-9-12 19:36
标题: 求助：求解析键级信息并输出分子式的python脚本分享

在LAMMPS模拟树脂碳化，用的是laspnn势函数，想用python脚本解析lammps输出的键级信息，并输出当前时间步长所存在的所有分子式（键级大于0.3大的原子对视为形成了化学键），每个分子的分子式都与要删除的小分子片段列表进行核对。如果分子式出现在列表中，该分子中所有原子从模拟中删除。有没有哪位老师手里有这样的python脚本或类似脚本可以分享呢？感谢各位老师。

思路来自文献：Purse, M., Holmes, B., Sacchi, M. et al. Simulating the complete pyrolysis and charring process of phenol–formaldehyde resins using reactive molecular dynamics. J Mater Sci 57, 7600–7620 (2022). https://doi.org/10.1007/s10853-022-07145-4

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