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标题: 求助CP2K如何以wb97x泛函计算孤立体系的几何优化 [打印本页]

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Author: liurui 时间: 2024-9-12 21:09
标题: 求助CP2K如何以wb97x泛函计算孤立体系的几何优化
各位老师学生想用wb97x泛函计算几何优化任务，输入文件如附件所示，请老师帮学生瞅瞅有什么问题，谢谢各位老师，非常感谢！

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Author: zjxitcc 时间: 2024-9-12 21:15
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-9-12 21:25 编辑

为什么要这么想不开

CP2K大盒子算孤立体系比Gaussian/ORCA慢很多，效率非常低（指的是同一泛函和质量接近的基组下），而且没法检验波函数稳定性，你这还要用wb97x，非常浪费时间、浪费机时。应该使用各自擅长的程序做计算。

作者
Author: liurui 时间: 2024-9-12 21:20

zjxitcc 发表于 2024-9-12 21:15
为什么要这么想不开CP2K大盒子算孤立体系比Gaussian/ORCA慢很多，效率非常低（指的是同一泛函和质量接近 ...

老师，想做机器学习哇，wb97x优化和固定原子的优化和wb97x做动力学的结果做机器学习哇

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-9-12 21:24
那你用量子化学软件（如Gaussian/ORCA等）计算出的能量和力也可以做机器学习啊

而且还可以方便快捷地计算很多CP2K很难算甚至没法算的泛函。

作者
Author: liurui 时间: 2024-9-12 21:32

zjxitcc 发表于 2024-9-12 21:24
那你用量子化学软件（如Gaussian/ORCA等）计算出的能量和力也可以做机器学习啊而且还可以方便快捷地计算 ...

老师，gaussian可以做周期性动力学吗；orca做的优化和动力学deepkit-md好像不支持哇，用啥推荐的软件来做机器学习吗？谢谢老师，非常感谢！

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2024-9-12 21:44

liurui 发表于 2024-9-12 21:32
老师，gaussian可以做周期性动力学吗；orca做的优化和动力学deepkit-md好像不支持哇，用啥推荐的软件来做 ...

不管你模拟的体系是不是周期性，机器学习力场本质上是构建坐标-->{Energy, force}的关系，而deepmd采用的是局域描述符，和是不是有周期性无关，只要能够在这个局域环境内采样充分，用任何第一性原理软件或者量化软件都行。所以你需要了解的是deepmd如果不设置PBC是否可以训练，以及怎么训练。

作者
Author: liurui 时间: 2024-9-12 21:56

让你变成回忆发表于 2024-9-12 21:44
不管你模拟的体系是不是周期性，机器学习力场本质上是构建坐标-->{Energy, force}的关系，而deepmd采用的 ...

老师，我只用过cp2k，vasp,gaussian和deepmd-kit的机器学习哇，不用周期性可以呀，包含单点训练的命令，还是不太懂，谢谢老师，非常感谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-9-12 23:29

liurui 发表于 2024-9-12 21:32
老师，gaussian可以做周期性动力学吗；orca做的优化和动力学deepkit-md好像不支持哇，用啥推荐的软件来做 ...

（1）跟“周期性动力学”没有关系。只要有记录坐标，能量和力的文本文件，任何势函数程序都可以做你想做的事，包括deepmd-kit，如果你不会，应该去问师兄师姐或deepmd-kit开发者。
（2）是deepmd-kit，不是deepkit-md。

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Author: Whitedwarf 时间: 2024-9-13 00:03
MLIP里水很深的，尤其是搞分子体系，如果不是想训练反应力场就还好，发表的文章研究的过程不会很复杂

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-13 01:54
说话别老带着“哇”字，不是什么好的口癖

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-13 01:56
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里我专门教了怎么在CP2K里用wB97X
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

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Author: liurui 时间: 2024-9-13 09:00

Whitedwarf 发表于 2024-9-13 00:03
MLIP里水很深的，尤其是搞分子体系，如果不是想训练反应力场就还好，发表的文章研究的过程不会很复杂

收到，谢谢老师

作者
Author: liurui 时间: 2024-9-13 09:01

zjxitcc 发表于 2024-9-12 23:29
（1）跟“周期性动力学”没有关系。只要有记录坐标，能量和力的文本文件，任何势函数程序都可以做你想做 ...

收到，谢谢老师

作者
Author: liurui 时间: 2024-9-13 09:01

sobereva 发表于 2024-9-13 01:54
说话别老带着“哇”字，不是什么好的口癖

收到，谢谢老师，我注意

作者
Author: liurui 时间: 2024-9-13 09:01

sobereva 发表于 2024-9-13 01:56
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里我专门教了怎么 ...

收到，谢谢老师

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