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标题: 求助关于使用Gaussian16结合sobMECP进行极小能量交叉点搜索的问题 [打印本页]

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Author: R.F. 时间: 2024-9-13 00:11
标题: 求助关于使用Gaussian16结合sobMECP进行极小能量交叉点搜索的问题
各位老师们，我想请教关于使用Gaussian16结合sobMECP进行极小能量交叉点搜索出现的问题，sobMECP脚本在Gaussian16下运行（搜索前已经按照博文http://sobereva.com/286对程序相关细节进行了改写），问题可能出在extract_gradient，没有提取到正确的数据，以下是改过的的源代码，程序依旧无法正确运行，请问是否有不妥之处
#!/bin/bash

natom=numatom

if ls | grep -q 'ProgFile'; then
echo 'ProgFile Exists - OK'
else
echo 'ProgFile missing'
exit 1
fi

if ls | grep -q 'Job0_A.gjf'; then
echo 'First Input OK'
else
echo 'First Input Missing'
exit 1
fi

if ! ls | grep -q 'JOBS'; then
mkdir JOBS
fi

# 如果需要保留 ReportFile 的旧内容，取消以下注释
# if [ -f "ReportFile" ]; then
#    cat ReportFile >> reportfile_old
# fi

# 如果需要创建 ReportFile 并添加日期，取消以下注释
# date > ReportFile

rm -f traj.xyz

num=0
while [ $num -lt 100 ]; do
echo "numatom" >> traj.xyz
echo "Step $num" >> traj.xyz
# Remove space lines
awk 'NF' geom >> traj.xyz
./sub_script "Job$num" $natom
mv -f "Job$num_A.gjf" "Job$num_A.log" JOBS/
mv -f "Job$num_B.gjf" "Job$num_B.log" JOBS/

if grep -q 'CONVERGED' ReportFile; then
      echo "MECP optimization has converged at Step $num"
      date >> ReportFile
      exit
else
      echo "Step Number $num -- MECP not yet converged"
fi

if grep -q 'ERROR' ReportFile; then
      echo 'An error has occurred, possibly in the Gaussian Job'
      exit
fi

num=$((num + 1))
cat Input_Header_A geom Input_Tail > "Job$num_A.gjf"
cat Input_Header_B geom Input_Tail > "Job$num_B.gjf"
done

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