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标题: NPT平衡后的RMSD代表什么 [打印本页]

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-13 09:48
标题: NPT平衡后的RMSD代表什么
我进行了1ns的NPT平衡，设置的参考压力是1bar， (, 下载次数 Times of downloads: 5) ，这个图片显示的RMSD高达80，想请问一下这个NPT之后的RMSD，和mdrun之后轨迹的RMSD有什么区别，这个RMSD的大小正常吗，是否需要延长NPT的时间

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-9-13 09:58
把体系的势能grep出来看看，就能看得比较清楚。

作者
Author: student0618 时间: 2024-9-13 10:26
不知你的体系是甚么很难判断的。
不过你这是Pressure的rmsd不是轨迹的吧，问题有点误导哦。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-13 15:08
此处的RMSD是对模拟过程中压力波动而言的，和轨迹分析对几何结构计算的RMSD完全是两码事
当前没必然异常

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