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标题: gmx小分子配体蛋白质体系模拟结果蛋白质结构异常 [打印本页]

作者
Author:
一条空空的河    时间: 2024-9-13 12:12
标题: gmx小分子配体蛋白质体系模拟结果蛋白质结构异常
如图,不知是出了什么问题,请各位大神帮忙解决!感谢!
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作者
Author:
Frozen-Penguin    时间: 2024-9-13 12:25
可能是周期性边界条件的问题,原子出现在周期性盒子的两端,显示的时候直接连起来了
作者
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Loading0760    时间: 2024-9-13 12:35
  1. gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_fixed.xtc -pbc mol
复制代码

消除周期性边界条件就好了。

作者
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一条空空的河    时间: 2024-9-13 19:44
Loading0760 发表于 2024-9-13 12:35
消除周期性边界条件就好了。

谢谢!
作者
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一条空空的河    时间: 2024-9-13 19:44
Frozen-Penguin 发表于 2024-9-13 12:25
可能是周期性边界条件的问题,原子出现在周期性盒子的两端,显示的时候直接连起来了

已解决!感谢!




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