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标题: ChemTraYzer可否实现解析键级信息并输出Species文件以及删除小分析产物 [打印本页]

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Author: pumpkin111 时间: 2024-9-13 21:00
标题: ChemTraYzer可否实现解析键级信息并输出Species文件以及删除小分析产物
在文献里看到python脚本解析lammps输出的键级信息，并输出当前时间步长所存在的所有分子式，并与要删除的小分子片段列表进行核对。如果分子式出现在列表中，该分子中所有原子从模拟中删除。想问一下各位老师，这个外部Python文件包是不是ChemTraYzer呢？或者说ChemTraYzer能不能实现这个过程呢？
文献中的片段：

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Author: lyj714 时间: 2024-9-14 16:14
文中描述根本就不是你说的这种。文中指的是反应力场下lammps输出了体系成键情况，然后根据成键情况额外统计物种情况，只输出成键情况是老版本lammps，因为那时候还没有直接输出物种的功能。新版本lammps有了reax/c/species所以才能针对反应力场直接输出物种，就不需要文中说的额外脚本处理。0.3是lammps默认的截断，什么删除指定小分子这都是lammps反应力场自带功能

作者
Author: pumpkin111 时间: 2024-9-15 19:28

lyj714 发表于 2024-9-14 16:14
文中描述根本就不是你说的这种。文中指的是反应力场下lammps输出了体系成键情况，然后根据成键情况额外统计 ...

我知道您说的意思，但是我用的不是reaxff ，但是也想得到species文件，以及在体系中删除小分子产物然后继续碳化。所以，因为reaxff 的很多命令不能直接用，我想知道在这种情况下能否有python脚本或者前辈们开发的程序可以做到这一点呢？

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Author: lyj714 时间: 2024-9-15 22:41

pumpkin111 发表于 2024-9-15 19:28
我知道您说的意思，但是我用的不是reaxff ，但是也想得到species文件，以及在体系中删除小分子产物然后继 ...

不用反应力场的体系，你只能通过自己的标准对轨迹进行处理，最主要的就是成键关系判定，因为你只有轨迹就不存在键级的说法了，比如用vmd或者Multiwfn的成键标准粗略判断体系原子的成键情况，然后筛选出符合你自定义要求的小分子从轨迹中删除，剩下的再用于你继续模拟啥的了。这些不可能有现成脚本，需要编程处理。

作者
Author: pumpkin111 时间: 2024-9-19 10:17

lyj714 发表于 2024-9-15 22:41
不用反应力场的体系，你只能通过自己的标准对轨迹进行处理，最主要的就是成键关系判定，因为你只有轨迹就 ...

感谢您的回复。请问可否在系统内安装ChemTraYzer，实现解析lammps输出的轨迹信息，判断成键关系并输出轨迹文件中每个时间步长所存在的所有分子式呢？这种想法是可行的吗？

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