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标题: 怎么判断自由能势能面被填满了呢 [打印本页]

作者
Author: Yun_ZL 时间: 2024-9-14 10:36
标题: 怎么判断自由能势能面被填满了呢
本帖最后由 Yun_ZL 于 2024-9-14 10:37 编辑

最近使用cp2k跑metadynamics模拟苯与甲醇的反应，跑到50 ps左右发现FS区域（红圈部分）还没有被填满，但从CV值来看，似乎已经在震荡了，有哪位大神能否指点一下，是否还需要接着跑下去？

作者
Author: kirSTY 时间: 2024-9-14 11:05
观察原子坐标动画，判断当前MD的区域化学意义是否与所研究的内容一致

作者
Author: Yun_ZL 时间: 2024-9-14 17:36

kirSTY 发表于 2024-9-14 11:05
观察原子坐标动画，判断当前MD的区域化学意义是否与所研究的内容一致

好的，非常感谢，如果这样的话应该是足够了。那FS所在区域的势能面为什么还会一直增加呢？您知道这是为什么吗？还是说所有的MTD模拟如果不停止，都一直会在FS所在区域来回震荡呢？

作者
Author: kirSTY 时间: 2024-9-16 15:15

Yun_ZL 发表于 2024-9-14 17:36
好的，非常感谢，如果这样的话应该是足够了。那FS所在区域的势能面为什么还会一直增加呢？您知道这是为什 ...

我的理解是程序会尽可能遍历CV的所有可能，如果你所研究的化学问题能够确定在当前状态已经采样结束了，那么接下来程序做的事情就是纯数学的工作了，不一定有明确的化学意义。
另外我觉得尽可能选择一维势能面。我猜测，你这里给了CV2-CV1的图，也许可以把CV2-CV1作为CV进行计算，这样可以避免很多问题而且节约大量采样时间。进步一交流最好提供下输入文件。

作者
Author: 1764360701 时间: 2024-9-17 19:15

kirSTY 发表于 2024-9-16 15:15
我的理解是程序会尽可能遍历CV的所有可能，如果你所研究的化学问题能够确定在当前状态已经采样结束了，那 ...

你好可以和你了解一下metadynamics的相关知识吗？我用了很久的cp2k做第一性原理计算，但是这方面还不怎么了解

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