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标题: 分子间轨道重叠与重叠积分 [打印本页]

作者
Author: jobs2016 时间: 2016-12-31 12:31
标题: 分子间轨道重叠与重叠积分
Sob老师，我想做两分子间轨道重叠方面的分析，通过看multiwfn手册和您的一篇博文sobereva.com/163，我收获很多。这里我还有几个不确定的问题，希望得到您的指点。博文中：“目前MOvalue.cub中只含DB-TTF1的坐标信息，在可视化时将看不到DB-TTF2的结构而不便于分析。为了解决这个问题，用文本编辑器打开MOvalue.cub和userfunc.cub，将后者的原子坐标段落（第7行到科学计数法记录的数据之间的部分）复制到前者的相应段落去。并且把前者的原子数信息，即第三行第一个数值从26改成52，之后保存。”
我想请问：1.“将后者的原子坐标段落（第7行到科学计数法记录的数据之间的部分）复制到前者的相应段落去。” 意思是用后者的原子坐标将前者的坐标覆盖掉吗？
2.分子间轨道重叠积分的正负和积分值得绝对值大小，分别说明什么意义？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-31 16:13
不是覆盖，是在后面额外加上。这样两个片段的坐标都在.cub文件里出现，你直接载入cub文件时就能同时看到两个片段的结构
代表片段轨道间以正相位和逆相位重叠。但正负一般不需要管，因为实际用到重叠值的场合往往是要放在绝对值符号里或者取平方，相位无所谓，关心大小就完了。大小体现重叠程度。

作者
Author: jobs2016 时间: 2017-1-1 14:07

sobereva 发表于 2016-12-31 16:13
不是覆盖，是在后面额外加上。这样两个片段的坐标都在.cub文件里出现，你直接载入cub文件时就能同时看到两 ...

老师，按照博文中的操作顺序，对于后者userfunc.cub文件中坐标部分是二聚体的坐标，前者MOvalue.cub文件中的坐标部分是DB-TTF1单体的坐标信息。所以若是在后面额外加上的话，则MOvalue.cub文件中就是三个片段的坐标信息了，这个肯定不对。请老师再次指正！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-1 16:36

jobs2016 发表于 2017-1-1 14:07
老师，按照博文中的操作顺序，对于后者userfunc.cub文件中坐标部分是二聚体的坐标，前者MOvalue.cub文件 ...

博文内容我记错了，是覆盖过去

作者
Author: jobs2016 时间: 2017-1-1 21:39
谢谢，Sob老师的耐心指导！

作者
Author: teller3531 时间: 2017-1-3 20:56
我想问下，
这个轨道重叠图怎么导出来到VMD中，是不是也像multiwfn做NBO一样，得到的cub文件到如到vmd中。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-3 22:15

teller3531 发表于 2017-1-3 20:56
我想问下，
这个轨道重叠图怎么导出来到VMD中，是不是也像multiwfn做NBO一样，得到的cub文件到如到vmd中。

是

作者
Author: yinlina 时间: 2022-7-19 23:19
我想问一下，计算得到的轨道重叠积分有一个正值、一个负值和一个总体数值，那我们一般是看这个正值吗？正值越大，代表相位相同的轨道重叠越大，是否可以辅助说明两个分子更容易反应？还是看总体数值再取绝对值或者平方？计算得到的重叠积分的单位也是au.吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-26 06:35

yinlina 发表于 2022-7-19 23:19
我想问一下，计算得到的轨道重叠积分有一个正值、一个负值和一个总体数值，那我们一般是看这个正值吗？正值 ...

“更容易反应”需要结合具体前提条件来说
看什么取决于具体目的
不用写单位

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