计算化学公社

标题: 用cp2K跑aimd分子跑出晶界 [打印本页]

作者
Author: xtm123 时间: 2024-9-16 10:46
标题: 用cp2K跑aimd分子跑出晶界
老师，我想请教一下，cp2k跑氨基与高岭土相互作用的氢键数量，跑13ps的分子动力学，基底全部固定，跑一段时间后吸附分子会直接跑出界请问是我哪里设置的不合理，请老师指教一下

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-16 14:42
CP2K产生的轨迹在记录时不考虑PBC
自己在VMD里把原子卷回盒子

作者
Author: xtm123 时间: 2024-9-17 01:20

sobereva 发表于 2024-9-16 14:42
CP2K产生的轨迹在记录时不考虑PBC
自己在VMD里把原子卷回盒子

好的谢谢老师指教

作者
Author: Assiduitas 时间: 2024-9-18 09:00

xtm123 发表于 2024-9-17 01:20
好的谢谢老师指教

同学，我也是求氢键数量的。想请问一下你的整个流程是什么？我的流程是：建模（固-液界面）-结构优化-NVT。但是我发现的结构优化一直无法收敛，卡着了。想学习一下你的流程，谢谢！

作者
Author: xtm123 时间: 2024-10-22 19:39

1285050231 发表于 2024-9-18 09:00
同学，我也是求氢键数量的。想请问一下你的整个流程是什么？我的流程是：建模（固-液界面）-结构优化-NVT ...

一样的但我的一次就收敛了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)