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标题: 多肽的动力学模拟RMSD变化过大 [打印本页]

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Author: 人生若只如初见 时间: 2024-9-16 16:14
标题: 多肽的动力学模拟RMSD变化过大
我用charmm36M力场用NAMD对一个多肽进行了MD，做了10ns的平衡模拟，200ns的产出模拟，但是动力学轨迹很混乱，键长被拉得很长，我更换力场分别用amber99sb amber14SB charmm36 力场试验，结果还是键长被拉的很长，RMSD变化相差不大，请教各位这种情况该如何解决。下图是charmm36m力场的RMSD 结果图

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Author: student0618 时间: 2024-9-16 17:57
那是多肽跨过周期性边界，先处理一下轨迹的pbc

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Author: 人生若只如初见 时间: 2024-9-17 16:31

student0618 发表于 2024-9-16 17:57
那是多肽跨过周期性边界，先处理一下轨迹的pbc

您好我处理过pbc边界了看动力学轨迹还是键长拉的很长图像还是像第一张图那样

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Author: student0618 时间: 2024-9-17 17:34
pbc是用什么处理？盒子多大？有没有试一下选置中的组？

作者
Author: 人生若只如初见 时间: 2024-9-18 09:24
本帖最后由人生若只如初见于 2024-9-18 09:30 编辑

student0618 发表于 2024-9-17 17:34
pbc是用什么处理？盒子多大？有没有试一下选置中的组？

因为我是NAMD的轨迹然后我就用的VMD处理了一下用pbc wrap -compound res -all 这个命令处理了一下盒子设的10A 多肽本身也不大就是4个氨基酸残基最主要就是动力学轨迹上下波动的很厉害它稳不住再麻烦您帮我看看

作者
Author: student0618 时间: 2024-9-18 12:41
VMD试试以下指令？

pbc wrap -center com -centersel "protein" -compound residue -all

复制代码

我习惯用Amber, 以前都把NAMD轨迹直接丢CPPTRAJ作autoimage处理和分析的，算是个另类的解决方法。

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Author: 人生若只如初见 时间: 2024-9-18 15:54

student0618 发表于 2024-9-18 12:41
VMD试试以下指令？

我习惯用Amber, 以前都把NAMD轨迹直接丢CPPTRAJ作autoimage处理和分析的，算是个另类 ...

我试过了可是还是键长被拉得很长，我在想是不是还是力场的问题可是我amber charmm力场都试了不知道咋办了

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-9-18 16:03
这真的不是PBC的问题吗?
你在VMD的Periodic (菜单栏依次点击Garphics-Representations可以看到这个选项)里把+X,-X那些全勾选上,然后显示样式改成DynamicBonds,看看这样会不会拉长.

作者
Author: 人生若只如初见 时间: 2024-9-18 17:25

Loading0760 发表于 2024-9-18 16:03
这真的不是PBC的问题吗?
你在VMD的Periodic (菜单栏依次点击Garphics-Representations可以看到这个选项)里 ...

老师也会拉长

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Author: student0618 时间: 2024-9-18 22:53
有没有用vmd的 extensions - analysis - rmsd trajectory tool align过？

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Author: 人生若只如初见 时间: 2024-9-19 09:33

student0618 发表于 2024-9-18 22:53
有没有用vmd的 extensions - analysis - rmsd trajectory tool align过？

这个可以了老师键长没有拉长的情况了轨迹看着正常了但是RMSD做出来是跟上边的图是一样的所以这样就算正常了是不是

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Author: c00jsw00 时间: 2024-9-19 09:54
peptide 本來就是很軟的物質..RMSD過大也是可以理解的^^

作者
Author: student0618 时间: 2024-9-19 11:09

人生若只如初见发表于 2024-9-19 09:33
这个可以了老师键长没有拉长的情况了轨迹看着正常了但是RMSD做出来是跟上边的图是一样的所以这样就 ...

新的RMSD 是否用vmd的RMSD Trjectory Tool align完以后在同一介面按RMSD，然后用介面左上角选单plot 出来的？

是的话如楼上所说多肽本来的柔性较大。不然就可能因爲是用了没align好的多肽算RMSD，没align好RMSD会大也是当然的。

作者
Author: 人生若只如初见 时间: 2024-9-19 15:29

student0618 发表于 2024-9-19 11:09
新的RMSD 是否用vmd的RMSD Trjectory Tool align完以后在同一介面按RMSD，然后用介面左上角选单plot 出来 ...

对的是这样做的老师结果跟上边一样这样就行只要是力场没加错就好谢谢老师

作者
Author: 人生若只如初见 时间: 2024-9-29 08:24

student0618 发表于 2024-9-18 12:41
VMD试试以下指令？

我习惯用Amber, 以前都把NAMD轨迹直接丢CPPTRAJ作autoimage处理和分析的，算是个另类 ...

老师，请问NMAMD的轨迹用AMBER分析。具体该怎么操作呢，还有就是amber分析需要的top文件是什么来呢

作者
Author: student0618 时间: 2024-9-29 09:48

人生若只如初见发表于 2024-9-29 08:24
老师，请问NMAMD的轨迹用AMBER分析。具体该怎么操作呢，还有就是amber分析需要的top文件是什么来呢

cpptraj可直接读psf和dcd

作者
Author: xinlanyh 时间: 2024-9-30 05:28
RMSD看着算是在正常波动范围。另外你的盒子是真空的吗？

作者
Author: 人生若只如初见 时间: 2024-10-1 21:11
不是的老师加了水的在水环境下的这里是把水给去了

作者
Author: 人生若只如初见 时间: 2024-10-1 21:12

student0618 发表于 2024-9-29 09:48
cpptraj可直接读psf和dcd

好的好的谢谢老师

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