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标题: 蛋白质配体体系RMSD图像异常 [打印本页]

作者
Author: 一条空空的河 时间: 2024-9-17 10:29
标题: 蛋白质配体体系RMSD图像异常
如题，RMSD显示的图像呈现进行性下降，md.mdp文件已附录（模拟过程中先完成了没有energygrps的mdrun，完成后又加上了energygrps重跑mdrun），感谢各位老师
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作者
Author: student0618 时间: 2024-9-17 10:58
本帖最后由 student0618 于 2024-9-17 11:01 编辑

gmx rms -s 用了哪个结构？看上去是用了最后一个Frame作reference算RMSD。

作者
Author: 一条空空的河 时间: 2024-9-17 11:19
本帖最后由一条空空的河于 2024-9-17 11:25 编辑

student0618 发表于 2024-9-17 10:58
gmx rms -s 用了哪个结构？看上去是用了最后一个Frame作reference算RMSD。

您好！-s用的是加跑能量组后的md.tpr，“看上去是用了最后一个Frame作reference算RMSD”这句没太听懂，能详细说一下吗？

作者
Author: student0618 时间: 2024-9-17 12:03
本帖最后由 student0618 于 2024-9-17 12:12 编辑

RMSD是对比一个参考帧(reference)的值。你的图看上去用作reference的结构是轨迹的最后一帧，因此RMSD会越来越小，到最后因为用了同一结构RMSD数值便会是零了。
RMSD更详尽的解说可参考社长的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html

你的md.tpr 是否用了跑完md的gro？gmx rms -s 试一下用模拟开始的tpr吧。

作者
Author: 一条空空的河 时间: 2024-9-17 12:48
本帖最后由一条空空的河于 2024-9-17 12:53 编辑

student0618 发表于 2024-9-17 12:03
RMSD是对比一个参考帧(reference)的值。你的图看上去用作reference的结构是轨迹的最后一帧，因此RMSD会越来 ...

您好！确实是用的md01.gro(不带能量组跑出的gro)做的md02.tpr，再用md02.tpr作的rmsd。顺带问一个问题，重跑能量组md02时要用npt.gro(即md01用到的gro)？附带：使用md01.tpr（无能量组mdrun得出的）作的rmsd
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