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标题: GPU加速的MD模拟正常,在md.mdp中添加能量组后运行报错超过截断距离 [打印本页]

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风神Mukhta    时间: 2024-9-17 15:14
标题: GPU加速的MD模拟正常,在md.mdp中添加能量组后运行报错超过截断距离
本帖最后由 风神Mukhta 于 2024-9-17 15:26 编辑

体系为水环境下中间一个蛋白质,部分乙烷以及极少量甲烷。小分子文件使用sobtop生成,体系经过电中性、能量最小化、NVT、NPT后进行GPU加速的MD模拟。
         gmxgrompp -f mdSU7.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md.tpr-maxwarn 1
         gmxmdrun -v -deffnm md -nb gpu

然后再重新用CPU跑一遍轨迹时
        gmxgrompp -f mdSU71.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md1.tpr-maxwarn 1
        gmxmdrun -rerun md.trr -s md1.tpr -e md_ener.edr -o md_recalc.trr

报错显示
        Fatal error:
        86 of the 77943 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (0.470528 nm) or the two-body cut-off distance (2.90213 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck

并且生成了部分error文件,不过本人苦于读不懂问题,也不明白能量组的设置为什么会出先上述错误。看论坛内类似问题Sob老师会给出检查结构文件、mdp文件等一系列自查建议,但问题仍困扰了我好几天,请各位老师给点建议,谢谢。(压缩包内有是topol文件和一个error文件)






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