计算化学公社

标题: 位置限制后仍出现油滴分散问题 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-9-18 22:35
标题: 位置限制后仍出现油滴分散问题
本帖最后由 zhangfaxue 于 2024-9-18 22:39 编辑

模型为上油滴在水中，下面有二氧化硅固体，均采用GAFF力场，跑完3ns的npt后做了100ns的NVT模拟，发现在npt的3ns就出现油滴分散，但是油滴中的组分选用的绝大部分是甲苯和烷烃分子，甲苯不溶于水应该会聚集在一起成一个油滴？于是采用的position_restraints ，限制了油组分分子，再次进行npt模拟发现依旧出现分子在几帧时间内就快速分散。请问大概会是什么原因，力场选取不合适吗？
初始模型：
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
分散后：

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

位置限制文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: lmch 时间: 2024-9-19 10:25
GAFF有固体参数？sob不是在sobtop里给了interface力场的参数，用那个。或者你用常见的clayff也行

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)