| 各位老师好，我在用Amber20跑一个环四肽（N端为质子化氨基）和小分子配体的复合物体系(溶剂为乙腈，加了一个氯离子平衡电荷）的预平衡。 由于我之前算过复合物在真空下的构象（没有氯离子，b3lyp/6-31g**，em=gd3bj），不同配体都与环四肽都呈现出类似的结合趋势，所以我在这次分子动力学模拟时优先尝试与先前结果相似的对接结果（by autocok）作为初始构象。 但是无论怎么跑，复合物要么分开，要么RMSD跑不平（而且与之前计算出的构象有很大的差异）。 我也尝试更改初始结构（把autodock的对接结果都试了一遍），依然会出现这种情况。 现在走投无路了，请各位老师帮忙给点建议。 |
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