计算化学公社

标题: genmer+molclus的方式做团簇构型，对于后续优化和计算能量方面的问题 [打印本页]

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Author: Ajl 时间: 2024-9-19 20:59
标题: genmer+molclus的方式做团簇构型，对于后续优化和计算能量方面的问题
各位老师好，我根据http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html中的教程，设计了两种多糖单体分子的二聚体，现在需要对后续的构象进行优化，我准备用molclus调用MOPAC在PM6-DH+级别下进行半经验方法，然后按http://sobereva.com/214中提到的（体系中有116个原子）BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J方法进一步计算二聚体的结合能，这样设计可以吗。计算时长方面大概多长时间（因为不是计算专业的，用的是8核的拯救者笔记本）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-20 05:35
BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J算相互作用能早过时了。ORCA用户用wB97M-V代替BLYP-D3

优化用PM6-DH+也太糙。GFN2-xTB或PM6-D3H4做预优化&初筛，然后B97-3c做正式优化还差不多

作者
Author: Ajl 时间: 2024-9-20 11:14

sobereva 发表于 2024-9-20 05:35
BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J算相互作用能早过时了。ORCA用户用wB97M-V代替BLYP-D3

优化用PM ...

好的谢谢老师，想再问下这两种方法耗时方面怎么样

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Author: cokie 时间: 2024-9-20 12:28

Ajl 发表于 2024-9-20 11:14
好的谢谢老师，想再问下这两种方法耗时方面怎么样

不太清楚你的分子是什么类型的，这里以我个人的经验来说，如果你的分子是稠环为主的大共轭体系，最好直接用DFT方法做优化（毕竟一共只有两个分子），因为GFN2-xTB或PMX类半经验方法经常会把稠环大共轭体系优化的非常扭曲。另外半经验的方法基本只用于多个结构初筛，最终要用的结构至少也得用DFT方法优化过。

计算时间上
sob老师推荐的B97-3c方法我没有用过，但是印象中有帖子说开RIJ加速效果非常明显,8核笔记本也许可以。
结合能的话：100多个原子8核用ORCA结合 wB97X-V/def2-QZVPP(-g,-f) 算单点，开RI加速，再考虑笔记本的散热，我觉得至少3天起步吧（我之前120个原子B3LYP-D3/def2-TZVP开RI加速，16核，也算了16个小时）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-20 19:13

cokie 发表于 2024-9-20 12:28
不太清楚你的分子是什么类型的，这里以我个人的经验来说，如果你的分子是稠环为主的大共轭体系，最好直接 ...

B97-3c是纯泛函级别，默认就开了RIJ，速度很快，而且比BLYP等纯泛函搭配def2-SVP档次基组结果更好

wB97X-V比wB97M-V算相互作用能精度更好，除非前者遇到难收敛之类情况，否则尽量用前者。如果def2-QZVPP(-g,-f)用不动，可以def2-TZVP结合gCP，我近期研究碳环与富勒烯相互作用的文章https://chemistry-europe.onlinel ... 1002/chem.202402227里牵扯到很大体系，就是用的wB97M-V/def2-TZVP+gCP

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Author: Ajl 时间: 2024-9-22 16:46
本帖最后由 Ajl 于 2024-9-22 17:09 编辑

sobereva 发表于 2024-9-20 05:35
BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J算相互作用能早过时了。ORCA用户用wB97M-V代替BLYP-D3

优化用PM ...

老师那用MOPAC PM6-D3H4初筛，随后wB97M-V/def2-TZVP+gCP下进一步优化，最后如果想计算结合能和相互作用的话应改再用哪些关键字组合进行计算呢感谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-23 02:21

Ajl 发表于 2024-9-22 16:46
老师那用MOPAC PM6-D3H4初筛，随后wB97M-V/def2-TZVP+gCP下进一步优化，最后如果想计算结合能和相互作 ...

wB97M-V/def2-TZVP+gCP是用来算单点的，优化用B97-3c通常就够了

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Author: Ajl 时间: 2024-9-24 21:15

sobereva 发表于 2024-9-23 02:21
wB97M-V/def2-TZVP+gCP是用来算单点的，优化用B97-3c通常就够了

谢谢老师那用B97-3c大概优化一帧大概要多长时间呢，118个原子（超算服务器设置的pal64）

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Author: sobereva 时间: 2024-9-25 00:37

Ajl 发表于 2024-9-24 21:15
谢谢老师那用B97-3c大概优化一帧大概要多长时间呢，118个原子（超算服务器设置的pal64）

不至于很久。具体取决于收敛是否顺利、初始结构，没法精确预判花费

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