计算化学公社

标题: 求助，体系中单个分子链能量变化怎么查看？ [打印本页]

作者
Author: zyp1999 时间: 2024-9-20 11:42
标题: 求助，体系中单个分子链能量变化怎么查看？
本帖最后由 zyp1999 于 2024-9-20 11:42 编辑

各位老师好，我跑了一个多条PVDF链掺入BTO粒子的体系看PVDF链的构型变化，跑完了之后想看其中一条链的能量变化数据（不是链与链的相互作用能），我用index定义了其中一条链PVDF11，rerun的时候能量组也设置的PVDF11，但是好像我按图中选项得到的势能、总能量还是整个体系的能量？
怎么能得到单链本身的能量变化呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-20 19:00
当前这么弄，你只能得到这条链与其余部分的非键相互作用能（注意不能用PME等涉及倒易空间部分计算的方法，因为这部分没法分解成组之间的作用）
如果要得到特定的组的成键相关项的能量，需要处理tpr和轨迹，脱掉其它部分再rerun

作者
Author: zyp1999 时间: 2024-9-22 16:18

sobereva 发表于 2024-9-20 19:00
当前这么弄，你只能得到这条链与其余部分的非键相互作用能（注意不能用PME等涉及倒易空间部分计算的方法， ...

谢谢sob老师回复，懂了，我试试看

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)