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标题: 想询问甲烷与水扩散过程求扩散系数 [打印本页]

作者
Author: hzx 时间: 2024-9-20 15:31
标题: 想询问甲烷与水扩散过程求扩散系数
我想询问sob老师和各位大神，我用gromacs做甲烷与水扩散过程求扩散系数，甲烷看作一个原子，水用的tip4p-ice水模型，温度300压力3mpa，最初建立盒子3*3*9nm，500甲烷原子和1000个水分子，模拟结束后的md.gro这样，mdanalysis的甲烷和氧ow的rdf图像这样，
想询问1. 导师让我扩大体系4*4*10nm，500甲烷和1000水分子是否合理，最初定数量也没有任何依据
2.md.gro模拟结束后的正确性
3.想问模拟结束后如何分析求扩散系数，溶解度和rdf，和如何检验其正确性
新手小白希望大神指导，十分感谢！！

作者
Author: leodennis 时间: 2024-9-20 17:22
应该是放少了，NPT跑完分子应该是紧实的，看模拟结果好像分子间空隙挺大的。分子放置数量可以根据密度公式rho=m/V进行计算的，常温常压下，水分子数密度是33个/nm^3。扩散系数可以用软件里面的均方位移msd进行计算，溶解度需要明确具体的定义，至于结果正确性，就得跟文献作对比了。

作者
Author: hzx 时间: 2024-9-23 09:09

leodennis 发表于 2024-9-20 17:22
应该是放少了，NPT跑完分子应该是紧实的，看模拟结果好像分子间空隙挺大的。分子放置数量可以根据密度公式r ...

多谢大神

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