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标题: 非均匀电场下分子动力学的模拟问题 [打印本页]

作者
Author: zhouchen 时间: 2024-9-20 19:18
标题: 非均匀电场下分子动力学的模拟问题
大家好，我们对于图1所示的体系进行分子动力学模拟，想要观察到体系中的氯离子在非均匀电场下的运动。
我们的想法是通过对于金电极一端施加正电荷一端施加负电荷，从而形成非均匀电场。然后固定体系中DNA，电极，小分子的位置，体系中只有氯离子可以动。
但是我们在进行MD时，通过不同组之间的相互作用分析发现，氯离子只是在一开始与金属电极存在相互作用，后面的相互作用均为0.（其中金属电极的gromacs力场参数来源于在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程（含视频） - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)）
请问大家是我们的参数设置的有问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-20 19:37
说具体“相互作用分析”具体指什么

作者
Author: 周晨 时间: 2024-9-20 21:11
本帖最后由周晨于 2024-9-20 21:12 编辑

sobereva 发表于 2024-9-20 19:37
说具体“相互作用分析”具体指什么

sob老师，这个主要是分析静电相互作用，定义能量组之后rerun轨迹，然后分析氯离子组与金锥电极组之间的非键相互作用。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-20 22:24

周晨发表于 2024-9-20 21:11
sob老师，这个主要是分析静电相互作用，定义能量组之后rerun轨迹，然后分析氯离子组与金锥电极组之间的非 ...

检查作用能随距离的变化，如果是逐渐平滑减小的，说明距离太远导致作用已经微弱了

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