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标题: gif转POSCAR出现如下问题怎么办？ [打印本页]

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-20 19:54
标题: gif转POSCAR出现如下问题怎么办？
本帖最后由 abu123 于 2024-9-23 09:12 编辑

我用gif转POSCAR，转换之后出现的poscar的文本文件好像是合适的，但是我用vesta打开后的文件如下，似乎有点问题，请问这是啥原因？应该怎么解决呢？

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-20 20:03
.gjf 才是 Gaussian 的输入文件格式，.gif 是图片格式……

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-20 20:14

乐平发表于 2024-9-20 20:03
.gjf 才是 Gaussian 的输入文件格式，.gif 是图片格式……

是.gjf，输错了

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-20 20:46
本帖最后由 abu123 于 2024-9-20 20:48 编辑

我将文件名称更改为POSCAR后，多出来6个原子，这个应该怎么处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-20 22:05
提问时候把问题描述完整，什么程序转的说清楚（虽然一看就是Multiwfn，提问时也必须明确说），并且输入输出文件都上传便于别人判断情况

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-23 09:11

sobereva 发表于 2024-9-20 22:05
提问时候把问题描述完整，什么程序转的说清楚（虽然一看就是Multiwfn，提问时也必须明确说），并且输入输出 ...

老师，是用Multiwfn转Gaussian的gjf文件，输入输出文件分别如上，转完之后多出了原子而且原来结构的原子位置发生了改变，请您帮我看一下是啥原因，应该怎么做？

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-23 09:46
本帖最后由乐平于 2024-9-23 10:10 编辑

abu123 发表于 2024-9-23 09:11
老师，是用Multiwfn转Gaussian的gjf文件，输入输出文件分别如上，转完之后多出了原子而且原来结构的原子 ...

从你的 FeCu-1a.gjf 和 POSCAR 来看，其实是一致的。

(, 下载次数 Times of downloads: 4)

红圈标记的是对应的 C （伸出周期盒子）
在 VESTA 文件里默认没有显示对侧的 C，这是是周期性边界条件所致，盒子左右，上下，前后是完全等价的，各显示一个就足够了（右图红色方框标记的和红色椭圆圈标记的是等价的）。

如果你一定要在 VESTA 里看到和 GaussView 类似的效果（在盒子外面显示 C 原子），可以在 VESTA 的菜单栏上点击 Edit ——> Bonds
在弹出的 Bonds 对话框中，先点击下方的 C C 连接方式，然后勾选 Search additional atoms recursively if either A1 or A2 is visible，再点击 Apply 应用看看效果。
如下图所示：

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-23 10:36

乐平发表于 2024-9-23 09:46
从你的 FeCu-1a.gjf 和 POSCAR 来看，其实是一致的。

老师，那这样的话我对应的Fe原子和Cu原子所在的位置也是合理的对吗？

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-23 11:09

abu123 发表于 2024-9-23 10:36
老师，那这样的话我对应的Fe原子和Cu原子所在的位置也是合理的对吗？

你量一下就知道了呀

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-23 16:00
本帖最后由 abu123 于 2024-9-23 16:15 编辑

乐平发表于 2024-9-23 11:09
你量一下就知道了呀

老师，这个poscar下我优化了一下，然后发现出来的结果中多了3个C 原子，我原本是有12个C原子，这种POSCAR优化完之后多了3个C,vasp中的输入文件如下。
此外，我想要的是20个原子的POSCAR,如下图，然后我用您上面的方法选择不搜索边界原子后得到了想要的结构，但是他只能保存成.VESTA文件，不能使用。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-24 06:47
本帖最后由乐平于 2024-9-24 09:07 编辑

abu123 发表于 2024-9-23 16:00
老师，这个poscar下我优化了一下，然后发现出来的结果中多了3个C 原子，我原本是有12个C原子，这种POSCAR ...

你的 POSCAR 里只有 12 个 C 原子，优化不可能增加 C 原子

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

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你的新的 20 个原子的结构，要 “导出” Export Data 才是保存成 POSCAR（因为格式转换了），而不是 “另存” Save 或 Save as

【注意】为了避免歧义或误解，我说的是新的 20 个原子的结构。你截图里选择的 “Do not search atoms beyond boundary” 不代表是你说的 20 个原子的新结构。很有可能还是你原来的不合理结构（盒子外面有距离太近的 C ）

你需要看看 POSCAR 里 C 原子的个数。

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-24 09:17
本帖最后由 abu123 于 2024-9-24 09:28 编辑

乐平发表于 2024-9-24 06:47
你的 POSCAR 里只有 12 个 C 原子，优化不可能增加 C 原子

这样啊，但是我之前的poscar优化后的CONTCAR如下，我转成xyz的形式后显示有24个C.
因为我只有gjf文件，然后我要用vasp去计算自旋极化，去确定一下他的磁矩，所以需要POSCAR,我最初的GJF文件如下，因为要转POSCAR,所以我将它设成了三维的，就是最初给出的那个GJF,优化后的结构好像不太对，与Gaussian 优化得到的结构有很大差异，而且将CONTCAR转成.xyz的形式后显示有24个C.

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-24 09:21
本帖最后由乐平于 2024-9-24 09:30 编辑

abu123 发表于 2024-9-24 09:17
这样啊，但是我之前的poscar优化后的CONTCAR如下，我转成xyz的形式后显示有24个C.

你看看，CONTCAR 里一样是 12 个 C 原子。优化不可能把原子数改变。

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

转换成 .xyz 之后多出的 C 原子应该是 bug
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

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另外，你根本就不需要去转换成 .xyz 格式
VESTA 可以直接打开 POSCAR, CONTCAR；
VMD 也可以直接打开 POSCAR, CONTCAR，XDATCAR （注意，VMD 里要用 VASPS_XDTACAR5 格式）

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-24 09:32
本帖最后由 abu123 于 2024-9-24 09:34 编辑

乐平发表于 2024-9-24 09:21
你看看，CONTCAR 里一样是 12 个 C 原子。优化不可能把原子数改变。

那为啥转.xyz形式有24个C呢？contcar的图中好像也是24个

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-24 09:40

abu123 发表于 2024-9-24 09:32
那为啥转.xyz形式有24个C呢？contcar的图中好像也是24个

你仔细看我的回复……

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-24 09:42

乐平发表于 2024-9-24 09:21
你看看，CONTCAR 里一样是 12 个 C 原子。优化不可能把原子数改变。

哦哦，好的好的，感谢您的耐心解答，我还有一个疑问是CONTCAR用VESTA打开后的图是这样的，这好像不是12个C吧？虽然上面显示的是12个C

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-24 09:52

乐平发表于 2024-9-24 09:40
你仔细看我的回复……

消息有点延迟，我看到了老师，感谢您的耐心回复。我还有一个疑问，就是我的CONTCAR打开后是这样的，这个图中的C原子好像不是12个吧？那这样的话这个结构是不是也有问题？

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-24 09:57

乐平发表于 2024-9-24 09:40
你仔细看我的回复……

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-24 10:47

abu123 发表于 2024-9-24 09:52
消息有点延迟，我看到了老师，感谢您的耐心回复。我还有一个疑问，就是我的CONTCAR打开后是这样的，这个 ...

看 CONTCAR 里的数字，是 12 个 C

不要被图形显示界面 “显示” 的效果迷惑了眼睛……

回忆一下自己学过的课程《材料科学基础》或《结构化学》或《晶体结构》或中学的化学课本

晶胞里的原子个数是真实的个数吗？
位于顶点上的原子实际占比多少？（只占 1/8 对不对？）
位于棱上的原子实际占比多少？（只占 1/4 对不对？）
位于相邻的面上的原子实际占比多少？（只占 1/2 对不对？）

这就是周期性边界条件的效果。

不要只看到显示的一个晶胞，要时时刻刻意识到晶胞是在空间里上下左右前后无限延伸的。

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-24 10:52

乐平发表于 2024-9-24 10:47
看 CONTCAR 里的数字，是 12 个 C

不要被图形显示界面 “显示” 的效果迷惑了眼睛……

好的好的，谢谢老师。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-24 11:01
本帖最后由乐平于 2024-9-24 11:19 编辑

abu123 发表于 2024-9-24 10:52
好的好的，谢谢老师。

你真的明白了吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-24 11:13
本帖最后由 abu123 于 2024-9-24 11:18 编辑

乐平发表于 2024-9-24 11:01
你真的明白了吗？

对于您说的晶胞这一块我明白了，但是因为我研究的是团簇，不是晶体，所以这两者之间我还是有点联系不起来，我不确定这样优化后得到的结构是不是合理的。和之前我们老师算的有点不一样。之前我们老师算的POSCAR和CONTCAR是这样的，现在我想更换原子的位置去算，结果好像有点不一样，整体的结构变了。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-24 11:18

abu123 发表于 2024-9-24 11:13
对于您说的晶胞这一块我明白了，但是因为我研究的是团簇，不是晶体，所以这两者之间我还是有点联系不起来 ...

那就说明你的晶胞（盒子）设置太小了，刚刚“箍” 住了你要研究的团簇。

所以你需要更大的晶胞，至少 15 x 15 x 15，甚至至少 20 x 20 x 20。
这样还能避免由于周期性边界条件带来的下一周期“镜像原子”对你的团簇带来的作用力的影响。

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-24 11:28

乐平发表于 2024-9-24 11:18
那就说明你的晶胞（盒子）设置太小了，刚刚“箍” 住了你要研究的团簇。

所以你需要更大的晶胞，至少 ...

那这个晶胞的大小设置是要在Gaussview里设置吗？

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-24 15:13

abu123 发表于 2024-9-24 11:28
那这个晶胞的大小设置是要在Gaussview里设置吗？

你最开始用什么工具建的模型，就在哪里设置。

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-24 15:23

乐平发表于 2024-9-24 15:13
你最开始用什么工具建的模型，就在哪里设置。

好的，老师。我是用Gaussview建的模型，然后扩胞之后都合适了，但是这个图形在最底部，有没有什么办法能把他放在中间位置呢，这样有点丑

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-24 17:44
本帖最后由乐平于 2024-9-24 17:46 编辑

abu123 发表于 2024-9-24 15:23
好的，老师。我是用Gaussview建的模型，然后扩胞之后都合适了，但是这个图形在最底部，有没有什么办法能 ...

直角坐标系里，每个原子的 X, Y, Z 值代表该原子在空间里的位置分量。

你在 GaussView 里建模，那么需要让坐标系显示出来。在模型窗口里点鼠标右键，在弹出的对话框里选择 View——> Cartesian Axes

然后就能在你的盒子边缘看的 X, Y, Z 的标记

(, 下载次数 Times of downloads: 4)
然后，你需要根据 X, Y, Z 的方向来确定要移动的方向，以及要移动的数值多少。

比如要向 Z 轴的正方向移动 3.0 A，那么用文本工具（例如 NotePad3，或者文本文档）打开 .gjf 文件，在 Z 列里将所有数值都加 3。
如果要向 Y 轴的负方向移动 4.2 A，那么用文本工具（例如 NotePad3，或者文本文档）打开 .gjf 文件，在 Y 列里将所有数值都减 4.2。

【注意】不要对最后的三行 Tv 对应的数据进行加或减，最后三行 Tv 对应的是晶胞参数（盒子大小）。

(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: abu123 时间: 2024-9-24 19:58

乐平发表于 2024-9-24 17:44
直角坐标系里，每个原子的 X, Y, Z 值代表该原子在空间里的位置分量。

你在 GaussView 里建模，那么需 ...

好的好的，我明白了，谢谢老师

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