计算化学公社

标题: VMD绘制福井函数等值面图时f+和f-都显示蓝色和绿色该怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: 科研好难 时间: 2024-9-21 11:26
标题: VMD绘制福井函数等值面图时f+和f-都显示蓝色和绿色该怎么解决？
各位老师好，我绘制有机物（图一）的福井函数和双描述符等值面图时f-（图二）和f+（图三）同时显示了两个颜色，这样应该是不对的吧，请问这是什么原因导致的呢，望懂的老师指点一下，非常感谢！
绘图流程：CP2K优化结构（PBE—pob-DZVP-rev2）——Multwfn产生N.gjf、N+1.gjf和N-1.gjf（B3LYP/6-31G*）——Gaussian计算得到N.wfn、N+1.wfn和N-1.wfn——Multwfn的22功能计算3（原始福井函数和双描述符）——导出f+.cub、f-.cub和DD.cub文件在VMD中显示
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-21 23:10
本来福井函数（无论f+、f-还是f0）局部区域都可能有正有负，只不过积分值肯定都为1而已

作者
Author: 科研好难 时间: 2024-9-22 01:20

sobereva 发表于 2024-9-21 23:10
本来福井函数（无论f+、f-还是f0）局部区域都可能有正有负，只不过积分值肯定都为1而已

sob老师，我看到有文献用权重福井函数和权重双描述符绘制等值面的，他的f-只有蓝色，f+只有绿色，双描述符才有两个色，他那样的也是合理的是吧？还有，我感觉福井函数和双描述符并不能很好的预测我的这个体系哎，请问用前线分子轨道是不是会好一点，或者还有其他更好预测方法推荐尝试嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-22 02:41

科研好难发表于 2024-9-22 01:20
sob老师，我看到有文献用权重福井函数和权重双描述符绘制等值面的，他的f-只有蓝色，f+只有绿色，双描述 ...

“f-只有蓝色”，要么蓝色代表正值，要么文章算错了

用前线分子轨道作甚。有的是更好的做法，哪能用最差、最不严格的
看：
1 亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml）、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）
2 幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
3 Multiwfn手册4.A.4节对各种Multiwfn支持的反应位点预测方法的总结
4 概念密度泛函综述和重要文献合集：http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
5 使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）
6 通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点
http://sobereva.com/533
7 使用Multiwfn计算双描述符势预测反应位点
http://sobereva.com/708（http://bbs.keinsci.com/thread-46064-1-1.html）
8 TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章（http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html）
9 使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用
http://sobereva.com/676

另外，量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班（http://www.keinsci.com/workshop/WFN_content.html）专门有一节“反应位点的预测与反应活性分析”深入系统全面讲相关知识

作者
Author: 科研好难 时间: 2024-9-22 08:40

sobereva 发表于 2024-9-22 02:41
“f-只有蓝色”，要么蓝色代表正值，要么文章算错了

用前线分子轨道作甚。有的是更好的做法，哪能用最 ...

好的，谢谢老师

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