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标题: 关于Merz离子力场参数的使用求助 [打印本页]

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Author: Layman 时间: 2024-9-21 16:46
标题: 关于Merz离子力场参数的使用求助
本帖最后由 Layman 于 2024-9-21 16:54 编辑

各位老师，请问一下，我想做盐水结冰的模拟，在merz力场参数用于gromacs中，sob老师给出了转换公式（图片在论坛中sob老师的回答中获得），得到了σ=Rmin /（2的6分之一次方），ε×4.184得到σ和ε的值，之后怎么把这些值用到amber力场中？
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Author: 牧生 时间: 2024-9-21 18:05
本帖最后由牧生于 2024-9-21 18:15 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

参加科音培训，从入门到发文章 - 期刊、投稿、写作 (Journal , Writing , Submission) - 计算化学公社 (keinsci.com) 这贴里面，文章支撑信息里面有现成的参数，复制即可

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Author: Layman 时间: 2024-9-21 18:10

牧生发表于 2024-9-21 18:05
http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

很有帮助，谢谢大佬

作者
Author: zhubaonian 时间: 2025-2-22 16:24
本帖最后由 zhubaonian 于 2025-2-22 16:40 编辑

牧生发表于 2024-9-21 18:05
http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

非常有用

作者
Author: 1Physics 时间: 2025-6-4 16:46
大佬您好，冒昧打扰我是新手小白有些问题想请教您，目前我在尝试用lammps去跑opc水模型，现在想加入钠离子和氯离子即3M的NaCl溶液，但是在根据这篇文献中的HEF参数集（https://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.0c01390
J.Chem. Inf.Model.2021,61,869−880）去设置pair_coeff，具体数值如下
pair_coeff 1 1 0.21280115 3.16655
pair_coeff 3 1 0.02960343 2.61390
pair_coeff 4 1 0.67878870 4.20504，其中类型1为o 类型2为h 类型3为Na 类型4为Cl，但是跑出来dump轨迹不是很合理，是哪里出问题了呀

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