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标题: 求助：Gromacs模拟液体，在NPT系综下体系有空洞 [打印本页]

作者
Author: xjw 时间: 2024-9-21 20:16
标题: 求助：Gromacs模拟液体，在NPT系综下体系有空洞
您好，我在结构优化后想利用NPT模拟液体，所用的.mdp文件如下，但是最后模拟出来发现快照有空洞如下图1，结构优化后的快照如图2，我在论坛看到卢老师说可以尝试删除DispCorr = EnerPres，同样也是差不多的结果

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-21 23:23
跟EnerPres没直接关系。检查力场参数、原子电荷的合理性
并且搞清楚此体系的沸点大概多少，如果参考温度超过沸点，肯定会严重膨胀
没事别自己改默认的fourierspacing

作者
Author: xjw 时间: 2024-9-21 23:29

sobereva 发表于 2024-9-21 23:23
跟EnerPres没直接关系。检查力场参数、原子电荷的合理性
并且搞清楚此体系的沸点大概多少，如果参考温度超 ...

好的，谢谢老师

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