计算化学公社

标题: 老师要求10000左右组一台服务器要求能跑comsol、MS [打印本页]

作者
Author: wuyileiju 时间: 2024-9-22 22:30
标题: 老师要求10000左右组一台服务器要求能跑comsol、MS
老师要求预算10000左右，期望能有三年保修，并且能跑comsol、ms，这个预算能买到吗？

作者
Author: anson 时间: 2024-9-22 23:25
这个预算这个要求只能梦里啥都有吧

作者
Author: wuyileiju 时间: 2024-9-22 23:27

anson 发表于 2024-9-22 23:25
这个预算这个要求只能梦里啥都有吧

新老师，太穷了，老师的意思是说跑小体系的，然后也不求跑多快，后期有钱了再升级。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-23 05:30
本来预算就很少，就更不能用M$这么巨慢的程序
而且你的预算还没买M$的一个零头多

作者
Author: abin 时间: 2024-9-23 08:12
原始要求是, 能跑, 又不在乎跑的效率如何.

考虑到还需要升级, 那你找一个塔式机箱, 里面安装上主要零件即可.

作者
Author: wuyileiju 时间: 2024-9-23 23:38

sobereva 发表于 2024-9-23 05:30
本来预算就很少，就更不能用M$这么巨慢的程序
而且你的预算还没买M$的一个零头多

请问下sob老师，这套我在淘宝上找的配置可以吗？打算主要跑comsol，ms随缘跑，能动就行，Cpu  Intel酷睿i7 14700K
芯片组  Intel z790组（带WiFi6E无线网卡）
内存  32G DDR5
显卡  Nvidia 3060 12g
硬盘  1t固态
电源  1250w金牌全模组电源
尺寸  570MM*255MM*535MM（深*宽*高）
保修  3年质保

价钱  9599

作者
Author: wuyileiju 时间: 2024-9-23 23:52

abin 发表于 2024-9-23 08:12
原始要求是, 能跑, 又不在乎跑的效率如何.

考虑到还需要升级, 那你找一个塔式机箱, 里面安装上主要零件 ...

我想问下，是不是跑MS低于4080的显卡都基本没啥差别，跑的都很慢，所以思路是搞双路服务器带显卡槽，未来再上显卡的好一点呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-24 01:46

wuyileiju 发表于 2024-9-23 23:38
请问下sob老师，这套我在淘宝上找的配置可以吗？打算主要跑comsol，ms随缘跑，能动就行，Cpu Intel酷睿i ...

我对cosmol不清楚，也不知道其是否支持GPU加速以及加速效果如何。如果像GROMACS一样GPU加速能力很好，把CPU的钱挪一些到GPU上。我也不知道其对内存需求情况，如果吃内存，可以提升到64GB
不推荐长城电源，1250W也纯浪费。不想花太多钱又想买个像样的电源可以用先马黑钻750W，参考下文
计算化学购机配置推荐
http://sobereva.com/444

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-24 04:11

wuyileiju 发表于 2024-9-23 23:52
我想问下，是不是跑MS低于4080的显卡都基本没啥差别，跑的都很慢，所以思路是搞双路服务器带显卡槽，未来 ...

用M$就别指望速度了，M$支持GPU加速的只有动力学模块forcite，然而其速度只有免费的gromacs等主流动力学程序的一个零头，而且不仅价格极贵还极不灵活，正经专业做计算的如今极少有用M$的，看下文了解动力学程序流行程度
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706（http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html）

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2024-9-24 05:43
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-9-24 05:45 编辑

一年前测过comsol，这是个非常夸张的“A黑软件”，同时对RAM带宽有极端的需求，太多的CPU核用处不大。

1万的预算，可以买14700K + 2*32GB 6400内存 + 中低端GPU，兼顾PC用途（注意刷最新版本BIOS）。

从你的叙述中可以看出来短期内你们无法使用Linux做正经科学计算研究，用Windows就行了。

作者
Author: 奔跑的西瓜 时间: 2024-9-24 12:01

wuyileiju 发表于 2024-9-23 23:38
请问下sob老师，这套我在淘宝上找的配置可以吗？打算主要跑comsol，ms随缘跑，能动就行，Cpu Intel酷睿i ...

14700K=2800左右技嘉Z790 D AX=1350左右，技嘉3060 12=2000元，其他内存固态和机电散大约大约2700元，整体价格在8800-9000元

作者
Author: sss668800 时间: 2024-9-24 15:28
本帖最后由 sss668800 于 2024-9-24 15:34 编辑

sobereva 发表于 2024-9-24 04:11
用M$就别指望速度了，M$支持GPU加速的只有动力学模块forcite，然而其速度只有免费的gromacs等主流动力学 ...

COMSOL模型大了以后特别吃内存，对于CPU很像高斯，在32核里面线性，而32核以外并行就很差了。

不过可以使用固态硬盘做虚拟内存，速度会慢，但能跑的动，因为主要吃的是连续读写，随机读写没那么多。
我下面回复的benchmark里面，程序内存50G，如果用32G内存则COMSOL分配是内存20G+虚拟内存30G。

作者
Author: sss668800 时间: 2024-9-24 15:31

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 05:43
一年前测过comsol，这是个非常夸张的“A黑软件”，同时对RAM带宽有极端的需求，太多的CPU核用处不大。

1 ...

我之前测试过：https://www.bilibili.com/video/BV1JM4y1o7Uh

如果是Intel大小核，那么最佳设置是关闭全部小核+关闭超线程，我怀疑COMSOL的大小核调度可能存在问题：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2024-9-24 16:16

sss668800 发表于 2024-9-24 15:28
COMSOL模型大了以后特别吃内存，对于CPU很像高斯，在32核里面线性，而32核以外并行就很差了。

不过可 ...

多核心并行的边际效应根本原因的RAM带宽，只要有足够的RAM带宽，scale-up到192核以上都有性能提升，例如双路9654跑Gaussian（http://bbs.keinsci.com/thread-40077-1-1.html）。

当然，comsol对于RAM带宽需求更极端，每8~16核心对应100GB/s是较合理的配置。

作者
Author: sss668800 时间: 2024-9-24 17:45
本帖最后由 sss668800 于 2024-9-24 17:50 编辑

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 16:16
多核心并行的边际效应根本原因的RAM带宽，只要有足够的RAM带宽，scale-up到192核以上都有性能提升，例如 ...

我不知道如何监视RAM带宽到底是否出现瓶颈，但我认为RAM带宽是足够的。
你可以看看我的傲腾P4800x测试结果，硬盘上面峰值的带宽显示是1.6GB/s，远远没到100GB/s，速度影响是42分钟和52分钟：

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sss668800 时间: 2024-9-24 17:53
本帖最后由 sss668800 于 2024-9-24 19:31 编辑

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 16:16
多核心并行的边际效应根本原因的RAM带宽，只要有足够的RAM带宽，scale-up到192核以上都有性能提升，例如 ...

如果带宽需求量极其高，那么AMD的3D Cash处理器会有极高的提速效果。
像你这里的Gaussian如果用双路9684x会比9654提升一大截，我不知道你那边有没有测试过双路9684x

但是COMSOL里面，实测看到别人的7950x3d速度比我的7950x还慢了一点（内存7950x3d平台是6400，我的是6000），导致有些人说x3d没用：
AMD 7950X 3D，32Gx2（6400MHz）。迭代4min0s，直接23min21s。
虽说7950x3d有个die的频率低了点，但是如果带宽不够(按8核100G/s，16核200G/s，DDR5 6000双通道远远到不了这个值)，或多多少能体现出来性能优势。

主要是网格化那步，按说Cashe大，内存带宽大，能体现出来。

作者
Author: sss668800 时间: 2024-9-24 19:30

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 05:43
一年前测过comsol，这是个非常夸张的“A黑软件”，同时对RAM带宽有极端的需求，太多的CPU核用处不大。

1 ...

还有，你说的“A黑软件”，是什么意思？

我看不少人买AMD的服务器平台

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2024-9-24 20:06

sss668800 发表于 2024-9-24 17:45
我不知道如何监视RAM带宽到底是否出现瓶颈，但我认为RAM带宽是足够的。
你可以看看我的傲腾P4800x测试结 ...

把你的单路6248R上的6条DIMM拆下来2条再测试，就能直观感受到RAM带宽的影响

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2024-9-24 20:17

sss668800 发表于 2024-9-24 17:53
如果带宽需求量极其高，那么AMD的3D Cash处理器会有极高的提速效果。
像你这里的Gaussian如果用双路9684 ...

“缓存”的英语翻译是“cache”。

AMD 3D V-Cache对于Gaussian的性能增益为10-15%。

建议所有测试都在Linux下进行，通过Slurm、numactl或其他手段精准控制CPU-Affinity，对测试平台控制变量，这样的测试才有意义。

comsol支持的求解方法非常多，对硬件性能的需求特点各异，不同的体系大小对于硬件性能的需求特点也不一样。在体系本身足够大、算法本身并行化足够充分的情况下，RAM带宽是制约并行计算scaling效率的主要因素。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2024-9-24 20:25
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-9-24 20:27 编辑

sss668800 发表于 2024-9-24 19:30
还有，你说的“A黑软件”，是什么意思？

我看不少人买AMD的服务器平台

在我的有限测试中，Xeon 8375C的8核比EPYC 9654的8核快50%以上。后来意识到也许是因为MKL没有正确调用AVX和AVX2扩展指令集，但我没有进一步使用MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5重新测试，因为我的研究领域周边完全用不到comsol。如果你可以在固定RAM带宽的情况下测试出通用基准测试（如SPEC2017、GeekBench5等）中per-core性能接近的AMD CPU和Intel CPU使用相同核心数量运行相同case的速度差异，community会非常感激你。

作者
Author: sss668800 时间: 2024-9-24 21:01

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 20:06
把你的单路6248R上的6条DIMM拆下来2条再测试，就能直观感受到RAM带宽的影响

嗯，我抽空试试，这台现在主要跑COMSOL停不下来

作者
Author: sss668800 时间: 2024-9-24 21:19

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 20:25
在我的有限测试中，Xeon 8375C的8核比EPYC 9654的8核快50%以上。后来意识到也许是因为MKL没有正确调用AVX ...

我们这边COMSOL都在Windows下面跑的，测试确实不严谨，没精确控制变量。

xeon 3代比epyc 4代快这么多，十有八九是调用指令集差役，其他原因我也想不到。

作者
Author: wuyileiju 时间: 2024-9-24 23:08

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 05:43
一年前测过comsol，这是个非常夸张的“A黑软件”，同时对RAM带宽有极端的需求，太多的CPU核用处不大。

1 ...

今天和老师苦口婆心地说了下，将预算提高到了15000，并且好像对ms的需求也不算太大，想了下能不能就是先将经费倾向于cpu上，然后因为老师一定要三年质保，所以我现在只找了淘宝比较大的店，这套配置您看可以吗？思路是一个未来可期，就是目前最起码保证comsol是没有压力的。CPU  AMD 霄龙 7542 32核心 64线程
散热器  朴赛风冷散热器
主板  AMD双路工作站主板
内存  三星 RECC DDR4 32GB 3200HZ 4根
硬盘  1T M.2 NVME固态
显卡  无（后期可加装）
电源  1650w金牌电源
规格  朴赛塔式服务器机箱

价钱  14400

作者
Author: wuyileiju 时间: 2024-9-24 23:13

sobereva 发表于 2024-9-24 04:11
用M$就别指望速度了，M$支持GPU加速的只有动力学模块forcite，然而其速度只有免费的gromacs等主流动力学 ...

sob老师，我们课题组是做电池方面的，gromacs不是很了解，查了下好像是多用于生物大分子的，其他课题组的好像也多是用ms，所以不确定gromacs能不能做，然后老师给预算多提到了15000，并且问了下，目前对ms的需求没那么高，优先级在comsol这，那找cpu好的服务器的话，好像推荐的价位没有比较靠近的。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2024-9-24 23:35
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-9-24 23:36 编辑

wuyileiju 发表于 2024-9-24 23:08
今天和老师苦口婆心地说了下，将预算提高到了15000，并且好像对ms的需求也不算太大，想了下能不能就是先 ...

DIMM太少了，CPU的per-core性能太差，尤其是Zen2的核间互联也很差，实际速度可能还不如几千元的14700K + 2*32G 6400。

如果你们组刚好需要买PC，我还是建议用消费级平台，性价比最高。以后搞清楚自己的需求了再买正经服务器也不迟。

一定要现在买，起码把预算提高到2万的水平，买个单路LGA4189平台，例如单路8575C + 8*32G DDR5 5600MT/s

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-25 00:42

wuyileiju 发表于 2024-9-24 23:13
sob老师，我们课题组是做电池方面的，gromacs不是很了解，查了下好像是多用于生物大分子的，其他课题组的 ...

gromacs能干什么，看http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html这页里 “附：GROMACS是什么？适合模拟什么？”
你对GROMACS的认识99%错误

作者
Author: wuyileiju 时间: 2024-9-25 23:39

sobereva 发表于 2024-9-25 00:42
gromacs能干什么，看http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html这页里 “附：GROMACS是什么？适 ...

了解到了，谢谢sob老师，我去学习一下。

作者
Author: wuyileiju 时间: 2024-9-25 23:41

Entropy.S.I 发表于 2024-9-24 23:35
DIMM太少了，CPU的per-core性能太差，尤其是Zen2的核间互联也很差，实际速度可能还不如几千元的14700K + ...

有道理，那我还是跟老师说买组pc吧，但是我不太清楚14700会不会有问题，之前有听到过14700缩缸的风险

作者
Author: doublezhang 时间: 2024-9-26 11:12
这个预算
勉强可以双路7K62 96核 512GB内存
也可以拿一个四节点双路6140 4 * 40核 128GB内存

作者
Author: abin 时间: 2024-9-26 12:45
Zen3架构, 至少能用.
Zen2这种垃圾, 就不要再折腾了.

作者
Author: lanthanum 时间: 2024-9-26 16:10

wuyileiju 发表于 2024-9-23 23:38
请问下sob老师，这套我在淘宝上找的配置可以吗？打算主要跑comsol，ms随缘跑，能动就行，Cpu Intel酷睿i ...

https://mp.weixin.qq.com/s/XypJdyPV51x2YzrTUTtpOA

作者
Author: FDGDF 时间: 2024-9-28 15:33

wuyileiju 发表于 2024-9-23 23:38
请问下sob老师，这套我在淘宝上找的配置可以吗？打算主要跑comsol，ms随缘跑，能动就行，Cpu Intel酷睿i ...

显卡需要吗

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