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标题: 求助：如何处理由Multiwfn生成的甲烷水合物晶胞pdb文件？ [打印本页]

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Author: Mecho 时间: 2024-9-22 23:51
标题: 求助：如何处理由Multiwfn生成的甲烷水合物晶胞pdb文件？
各位老师好，我在做甲烷水合物的相关模拟，想请教一些问题，我用Multiwfn生成了甲烷水合物晶胞pdb文件，用VMD查看晶胞中各原子的坐标是合适的，但该pdb文件仍存在一些问题：
1. 所有原子的残基名称和编号全都是“A”和“1”，没有任何区分、排序，这是不合适的吧，该如何把修改呢？涉及到几千个原子，手动修改效率低且极易出错。
2. 水分子的顺序是O-H-H，但原子名称不是OW、HW1和HW2，涉及到后面要将体系中的水都转化为四点水模型和使用OPLS-AA力场进行动力学模拟的问题，不知是否需要将水分子中各原子的原子名进行修改，该如何修改呢？
3. 甲烷分子的顺序是C-H-H-H-H，但氢原子名称不是H1、H2、H3和H4，同样涉及到后续使用OPLS-AA力场进行分子动力学模拟的问题，不知是否需要修改？

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下面附上我得到的甲烷水合物晶胞pdb文件的部分内容：
REMARK Generated by Multiwfn, Totally    1424 atoms
CRYST1 23.240 23.240 23.240  90.00  90.00  90.00
HETATM 1  O    A 1    2.124 2.146 2.187  1.00  0.00          O
HETATM 2  H    A 1    1.793 1.351 2.683  1.00  0.00          H
HETATM 3  H    A 1    2.641 1.805 1.411  1.00  0.00          H
HETATM 4  O    A 1    0.028 3.628 1.370  1.00  0.00          O
HETATM 5  H    A 1    0.068 3.753 0.389  1.00  0.00          H
HETATM 6  H    A 1    0.789 3.040 1.620  1.00  0.00          H
HETATM 7  O    A 1    11.569 5.832 2.930  1.00  0.00          O
HETATM 8  H    A 1    11.578 5.001 2.388  1.00  0.00          H
HETATM 9  H    A 1    12.402 5.842 3.474  1.00  0.00          H
HETATM 10  O    A 1    9.502 9.531 2.112  1.00  0.00          O
HETATM 11  H    A 1    8.900 8.968 2.675  1.00  0.00          H
HETATM 12  H    A 1    10.255 8.941 1.843  1.00  0.00          H
...
HETATM  139  C    A 1    5.742 0.193 2.874  1.00  0.00          C
HETATM  140  H    A 1    6.423 0.371 2.039  1.00  0.00          H
HETATM  141  H    A 1    5.294 1.138 3.189  1.00  0.00          H
HETATM  142  H    A 1    4.956  -0.502 2.572  1.00  0.00          H
HETATM  143  H    A 1    6.296  -0.236 3.712  1.00  0.00          H
HETATM  144  C    A 1    5.884 0.340 8.720  1.00  0.00          C
HETATM  145  H    A 1    6.927 0.163 8.447  1.00  0.00          H
HETATM  146  H    A 1    5.748 1.391 8.981  1.00  0.00          H
HETATM  147  H    A 1    5.233 0.091 7.879  1.00  0.00          H
HETATM  148  H    A 1    5.622  -0.287 9.575  1.00  0.00          H
...
HETATM 1420  C    A 1    23.260  23.261  23.275  1.00  0.00          C
HETATM 1421  H    A 1    24.337  23.293  23.108  1.00  0.00          H
HETATM 1422  H    A 1    23.056  23.245  24.346  1.00  0.00          H
HETATM 1423  H    A 1    22.799  24.143  22.829  1.00  0.00          H
HETATM 1424  H    A 1    22.850  22.361  22.816  1.00  0.00          H
END

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-23 05:20
你没说你用什么文件当做Multiwfn的输入文件。如果本来载入的就不是pdb文件，Multiwfn自然不可能获得残基、原子名信息，导出的pdb里自然也没这种信息

对于GROMACS模拟，只需要坐标文件和拓扑文件里的原子顺序对应，不看原子名

作者
Author: Mecho 时间: 2024-9-23 10:44

sobereva 发表于 2024-9-23 05:20
你没说你用什么文件当做Multiwfn的输入文件。如果本来载入的就不是pdb文件，Multiwfn自然不可能获得残基、 ...

非常感谢老师的回复，我是用文献中甲烷水合物晶胞cif文件作为Multiwfn的输入文件，通过Multiwfn进行截断分子保留、自动成键、扩胞并导出pdb格式，您讲解之后我明白了问题出现的原因，想再请教一下，我现在得到的这个pdb文件中的残基信息该如何修改呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-24 01:42

Mecho 发表于 2024-9-23 10:44
非常感谢老师的回复，我是用文献中甲烷水合物晶胞cif文件作为Multiwfn的输入文件，通过Multiwfn进行截断 ...

自己用awk命令或者写脚本/程序改

作者
Author: 牧生 时间: 2024-9-24 08:54

Mecho 发表于 2024-9-23 10:44
非常感谢老师的回复，我是用文献中甲烷水合物晶胞cif文件作为Multiwfn的输入文件，通过Multiwfn进行截断 ...

不用改，只要原子名对的上，跑一下MD，就行了

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