计算化学公社

标题: 在进行NPT平衡时,报错:150 atoms are not part of any of the T-Coupling groups [打印本页]

作者
Author:
Willow0114    时间: 2024-9-23 09:36
标题: 在进行NPT平衡时,报错:150 atoms are not part of any of the T-Coupling groups
我将上一个模型的gro文件当作一个新的模拟的gro文件,这个文件里有蛋白质,钙离子,氯离子,我通过insert-molecules命令添加了30个磷酸根离子(PO4),能够正常进行能量最小化,但是输入gmx grompp -f npt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o npt.tpr准备进行npt平衡,提示150 atoms are not part of any of the T-Coupling groups。我应该怎么解决呢?

作者
Author:
dzdhp    时间: 2024-9-23 09:59
三五一百五,这不明摆着吗,你没把插进去的磷酸根加到控温组,创一个index文件把它加到你的Non-Protein组里,ndx怎么耍去看手册。
作者
Author:
Mary_p    时间: 2024-9-25 11:40
你好解决了吗?我也遇到了相同的问题
作者
Author:
Willow0114    时间: 2024-9-25 18:32
Mary_p 发表于 2024-9-25 11:40
你好解决了吗?我也遇到了相同的问题

解决了,是我的mdp文件里,组合选错了,改成protein Non-Protein就可以了




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3