计算化学公社

标题: gaussian如何计算吉布斯自由能变化？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-19 17:15
标题: gaussian如何计算吉布斯自由能变化？
做两个分子的吸附作用，结构通过b3lyp/6-31g*优化好了，但没有找到自由能的变化？如何找出吸附前后吉布斯自由能的变化？还是进行能量专门计算？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-19 19:11
对吸附前后的体系分别做freq，输出文件里就有自由能值，二者求差即可。

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-19 20:02
好，谢谢，sob那里有高斯超算吗？我这里计算太慢了，250个原子左右，b3lyp/6-31机组，要算一周。如果有，如何有偿服务？结构优化好了，自由能当时木有加，还要算次频率，把自由能算出来，都崩溃了。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-19 20:41
你当前的计算条件是什么？什么CPU，分配了多少核？

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-19 21:46
32核心，AMD CPU. 双路。内存用了55g进行计算，总内存64g。还有提升空间吗？

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-19 21:55
32核心同时使用。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-19 22:00
超算也没办法，你的核数够多的了（虽说AMD的效率很低），高斯本身并行效率就不好，核数再多了也无济于事。
可以考虑在PM7半经验方法下算热力学校正量，再加到DFT的电子能量上

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-19 22:07
谢谢，那就只有慢慢算了。下次配置至强处理器，吸取教训。

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-23 19:31

sobereva 发表于 2014-12-19 22:00
超算也没办法，你的核数够多的了（虽说AMD的效率很低），高斯本身并行效率就不好，核数再多了也无济于事。
...

Sob，请问PM7半经验，再加DFT的电子能量，计算方法在文件里如何写？是不是应该比b3ly/6-31g理论更快些呢？是不是G09所有版本都支持这种算法？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-23 23:27
MOPAC2012才支持PM7，G09里用PM6也行，直接写PM6关键词即可。
需要写两个输入文件，一个PM6 freq，一个DFT单点。
半经验的耗时比DFT低两个数量级左右

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-23 23:36
那么高斯运行输入命令时，是运行freq，还是运行DFT单点能文件呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-24 00:06
需要两个输入文件
1 B3LYP/6-31G* opt
2 PM6 opt freq
把2得到的热力学校正量加到1输出的能量上

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-24 15:16
本帖最后由 lao7 于 2014-12-24 19:08 编辑

谢谢，也就是说，步骤如下：
1）我以前已经用B3LYP/6-31G* opt优化好的结构；再次计算单点能。
2）用PM6 opt freq半经验方法，运行一下优化后的结构，获得矫正量。然后用此矫正量，加上DFT方法输出的单点能上，就是这样吧？
我没有基础，所以要以一点点问，谢谢哈！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-25 09:26

lao7 发表于 2014-12-24 15:16
谢谢，也就是说，步骤如下：
1）我以前已经用B3LYP/6-31G* opt优化好的结构；再次计算单点能。
2）用PM6 ...

就是这样

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-25 12:19
好谢谢SOB.

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-25 12:40
还有1个问题：
opt freq pm6弄好之后的，自由能能直接用吗（虽然精确度差点，但用来估计，和实验结果对比）？不用6-31G优化了。因为发觉用B3LYP/6-31G opt优化后的文件，GView作图之后，PM6 opt freq优化总是报错，说原子间距太近了（我估计精确度的问题），就报错。
谢谢！

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-25 17:33
Sob，还请教一下，我能否直接用PM6 opt freq直接获取吉布斯能量呢？如果能量仅仅用来做参考值（和实验测试结果对比用），PM6 opt freq算出来的误差能否被接受？发表文章。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-26 00:08
半经验从原理上没法获得吉布斯自由能。因为半经验的单点计算给出的实际上是体系的生成焓而非电子能量。（虽说，横向对比大小的话倒也凑合）

而且纯粹用半经验来算，如果体系大小是在DFT能处理得动的范围内的话，估计审稿人也会吐槽精度太低。

至于距离太近，先看看是哪两个原子距离太近，图形上观察一下。一般DFT不会出现这种情况，除非是设定上有严重问题。

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-26 13:41
本帖最后由 lao7 于 2014-12-26 16:49 编辑

谢谢，我觉得还是老老实实把b3lyp/6-31g优化好的结构，重新b3lyp/6-31g opt freq一遍吧。
再请教一下，理论上，收敛后结构的单点能指的是哪种能量，和吉布斯自由能有何区别呢？能不能互用呢？谢谢。

作者
Author: 虎王 时间: 2015-1-31 18:53

lao7 发表于 2014-12-19 21:55
32核心同时使用。

32核心同时用应该反而比16核并行慢点吧。我用的时候是这样。

作者
Author: lao7 时间: 2015-1-31 19:45

虎王发表于 2015-1-31 18:53
32核心同时用应该反而比16核并行慢点吧。我用的时候是这样。

没有感觉到慢，32核心还是比10几个核心快了些，前提内存够。AMD处理器，我用的

作者
Author: Kayla1488 时间: 2022-10-13 11:31

lao7 发表于 2014-12-26 13:41
谢谢，我觉得还是老老实实把b3lyp/6-31g优化好的结构，重新b3lyp/6-31g opt freq一遍吧。
再请教一下，理 ...

请问你这个问题解决了吗？我也不太明白，想要请教一下

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-10-13 12:19

Kayla1488 发表于 2022-10-13 11:31
请问你这个问题解决了吗？我也不太明白，想要请教一下

仔细阅读《谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量》http://sobereva.com/488
看

(, 下载次数 Times of downloads: 43)

作者
Author: Kayla1488 时间: 2022-10-15 10:57

zjxitcc 发表于 2022-10-13 12:19
仔细阅读《谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量》http://sobereva.com/488
看

好的谢谢zjxitcc老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)