计算化学公社

标题: 请问各位老师VESTA可视化时，图中这条虚线代表什么意思呀 [打印本页]

作者
Author: qifei123 时间: 2024-9-24 17:53
标题: 请问各位老师VESTA可视化时，图中这条虚线代表什么意思呀
白色原子是H,红色原子是氧，绿色原子是Li，不明白这条虚线是什么意思

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-9-24 18:36
VESTA发现，氧和氢的距离近到处在一定范围内，判断为形成了氢键；这只是软件对可能的连接形式的展示，可以人为修改，不一定准确表明真实的化学现象。

（就几个小时前刚有个同样问题的老帖子被翻出来，楼主发问前拿"vesta 虚线"搜索应该看得见啊……）

作者
Author: ShiinaMashiro 时间: 2024-12-13 18:10

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-9-24 18:36
VESTA发现，氧和氢的距离近到处在一定范围内，判断为形成了氢键；这只是软件对可能的连接形式的展示，可以 ...

请问一下这个氢键可以改成实线或者换下颜色吗

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-13 20:46
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-12-13 21:07 编辑

ShiinaMashiro 发表于 2024-12-13 18:10
请问一下这个氢键可以改成实线或者换下颜色吗

在VESTA目录下找到style文件夹中的default.ini（如果找不到就参考手册https://jp-minerals.org/vesta/archives/VESTA_Manual.pdf的17.2和17.3节），用文本编辑器打开，找到SBOND字段下这么几行：

305 O H 0.00000 1.20000 0 1 0 0 1
306 H O 1.20000 2.10000 0 0 0 0 5
307 H F 0.00000 1.10000 0 1 0 0 1
308 H Cl 0.00000 1.50000 0 1 0 0 1
309 H N 0.00000 1.20000 0 1 0 0 1
310 O D 0.00000 1.20000 0 1 0 0 1
311 D O 1.20000 2.10000 0 0 0 0 5

复制代码

每一行的内容分别为成键关系编号、两种元素类型、键长下限与上限（单位为埃）、四个0或者1（这里不用管）、成键显示风格。显然下限为0上限为1.2的O-H和O-D是普通的圆柱形双色键，下限1.2上限2.1的是虚线的氢键。最后一位数字可以取0到5的整数，依次对应于VESTA窗口Objects菜单下Properties - Bonds面板的几种Bond style，其中就有纯色实线2和渐变色实线3两种。实际上所有键的键长下限与上限都可以在Edit - Bonds里面增删修改，但是键的显示风格不能。

然后再找到BONDP字段下这一行：

1 16 0.250 2.000 127 127 127

复制代码

这些参数与上述面板中的Resolution和Radius and color的各项参数很容易对上，最后四项分别是线的宽度和颜色的RGB值。

那么修改载入结构时氢键初始的显示方式的流程就很简单了。确认Edit - Preferences中Start-up search for bonds已勾选后关闭VESTA（关闭之前对default.ini的编辑会在关闭时被覆盖），修改default.ini文件上述参数并保存，再重新启动VESTA并载入结构文件即可看到效果。按照这个思路还可以添加两行定义N-H、F-H等其他氢键的显示方式，或者调整氢键键长上下限、关闭氢键显示等。

如果还有更多要求，比如让氢键与其他键的颜色互相独立（上面的颜色对所有键生效）、用更常见的综合考虑氢-给体-受体相关距离和夹角的判据来判断氢键（上面只有氢-受体距离），那还是用VMD的HBonds显示风格容易调整。

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