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标题: 经过周期性边界矫正，轨迹还是出现问题，一个蛋白出现在盒子的两边(已解决) [打印本页]

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Author: Willow0114 时间: 2024-9-25 09:33
标题: 经过周期性边界矫正，轨迹还是出现问题，一个蛋白出现在盒子的两边(已解决)
本帖最后由 Willow0114 于 2024-9-25 10:16 编辑

如题所示，我通过gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_whole.xtc -pbc whole；gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_whole_nojump.xtc -pbc nojump；gmx trjconv -s md.tpr -f md_whole_nojump.xtc -o md_mol.xtc -center -ur compact -pbc mol（这里选择蛋白质为中心）三步对模拟完的结果进行周期性矫正，但是我用VMD看，轨迹还是出现了问题。蛋白质时尔完整，时而出现在了盒子的两边，我应该如何解决呢？另外，在进行模拟的过程中，有没有操作可以尽量避免这种情况呢？
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作者
Author: M230351121 时间: 2024-9-25 21:04
请问是如何解决的呢，我也出现这种问题，盒子是十二面体菱形盒子

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-25 22:18

M230351121 发表于 2024-9-25 21:04
请问是如何解决的呢，我也出现这种问题，盒子是十二面体菱形盒子

确保一开始蛋白质是完整的，如果MD中途有的链跨盒子了，用-pbc cluster方式处理轨迹，保持完整的组选择蛋白质，就可以避免不同的链分家

作者
Author: M230351121 时间: 2024-9-26 09:35

sobereva 发表于 2024-9-25 22:18
确保一开始蛋白质是完整的，如果MD中途有的链跨盒子了，用-pbc cluster方式处理轨迹，保持完整的组选择蛋 ...

好的，谢谢老师。

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