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标题: 请教关于Linux系统下使用optDFTw进行w值的计算过程 [打印本页]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-4 17:49
标题: 请教关于Linux系统下使用optDFTw进行w值的计算过程
本帖最后由 yezhonghua 于 2017-1-4 18:03 编辑

请教一下linux下算过RS w优化的大神一下：
sober老师在http://sobereva.com/346提供了一个optDFTw linux程序；由于接触linux的比较浅，所以不太明白如何进行计算。请教一下做过的大神计算步骤：
templet.gjf是单点能计算文件（先用b3lyp/6-31g*进行opt freq得到比较好的构型,然后用LC-wPBE/6-31g*进行单点能）。
按照老师提供的做法我将gjf文件命名为templet.gjf 将optDFTw权限改为775，房子同一个目录下，执行./optDFTw。然后出现图1和2所示情况，出现报错。
请教一下是否是我的g09的问题或者是我的计算过程有问题，谢谢！
附件为templateg.gjf。
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-4 18:10
你先搞个最简单的水体系，如果能成功，说明9成是当前体系SCF不收敛所致，观看高斯输出文件以确认。
解决方法：
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-4 18:14

sobereva 发表于 2017-1-4 18:10
你先搞个最简单的水体系，如果能成功，说明9成是当前体系SCF不收敛所致，观看高斯输出文件以确认。
解决方 ...

谢谢sober老师，我的计算过程应该没有问题吧?

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-4 18:15
没问题

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-4 19:27
本帖最后由 yezhonghua 于 2017-1-4 19:46 编辑

sobereva 发表于 2017-1-4 18:10
你先搞个最简单的水体系，如果能成功，说明9成是当前体系SCF不收敛所致，观看高斯输出文件以确认。
解决方 ...

谢谢sober老师。
我采用高斯提供的联苯分子进行计算也出现上述问题，提示找不到阿尔法轨道本征值。
我用的是09.A.02版本，我按照附件的提示网上说可能是我的高斯版本不支持wPBE的IOP？

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-4 19:39

sobereva 发表于 2017-1-4 18:15
没问题

谢谢sober老师，我又用联苯分子试了一下，也是一样的错误，是否可能是我的g9A版本不支持wPBE 的IOP的原因吧？

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-4 19:58
标题: g09A .02 是否支持LC-wPBE的IOP
参照高斯手册应该是支持LC-wPBE的
输入文件如下：
%chk=template.chk
%mem=32GB
%nprocshared=24
#p LC-wPBE/6-31g(d)

但是计算输出却出现了报错（如附件），网上查了一下所A版本不支持LC-wPBE的IOP，需要升级到D.01版本。
请教一下大家是否遇到过这个问题，谢谢！

作者
Author: ggdh 时间: 2017-1-4 20:23

yezhonghua 发表于 2017-1-4 19:39
谢谢sober老师，我又用联苯分子试了一下，也是一样的错误，是否可能是我的g9A版本不支持wPBE 的IOP的原因 ...

要做调控起码要B版本的gaussian

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-4 20:48
A.02假若不支持LC-wPBE，一开始就报错了。你用E或者D.01跑一次，如果正常，说明是A.02的bug

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-5 08:31

sobereva 发表于 2017-1-4 20:48
A.02假若不支持LC-wPBE，一开始就报错了。你用E或者D.01跑一次，如果正常，说明是A.02的bug

多谢sober老师

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-5 11:10
本帖最后由 yezhonghua 于 2017-1-5 11:22 编辑

sobereva 发表于 2017-1-4 20:48
A.02假若不支持LC-wPBE，一开始就报错了。你用E或者D.01跑一次，如果正常，说明是A.02的bug

sober老师，我换用09D版本的就没有问题了，可能还是版本的问题。
另外还要麻烦sober老师一下：
1、对于这个优化w值，我看您是直接计算单点能的。是否应该先用B3LYP/6-31g*进行基态(N.gjf)的opt+frq，得到一个较好的构型，然后用您提供的程序进行（LC-wPBE泛函下）w优化单点能计算。
2、LC-wPBE的w优化直接采用单点能优化是不是很妥，对于80个原子体系的有机分子，是否在template.gjf文件中加入 opt freq 进行构型优化（至少应该加入opt吧），但是这样的运算10几圈的任务计算量肯定很大。所以，想问一下老师这个直接通过单点能计算优化得到的w值有没有必要进行opt freq计算？
如果有冒犯之处，还请老师见谅，主要是我觉得初始构型可能对于w的值存在一定的影响。
谢谢老师!

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-1-5 17:02
本帖最后由冰释之川于 2017-1-5 17:10 编辑

yezhonghua 发表于 2017-1-5 11:10
sober老师，我换用09D版本的就没有问题了，可能还是版本的问题。
另外还要麻烦sober老师一下：
1、对于 ...

1. w值的优化肯定是基于优化好的基态构型坐标来找的。换句话说，你要在该结构下做一系列不同w值的单点能。2. 不用在template.gjf模版里改成opt freq，这么做不符合IP-tuning的原理！

总之，泛函调控都是基于优化好的分子构型下来实施的！，后续寻找最佳w值则不需要画蛇添足地再优化什么结构了！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-5 20:29

冰释之川发表于 2017-1-5 17:02
1. w值的优化肯定是基于优化好的基态构型坐标来找的。换句话说，你要在该结构下做一系列不同w值的单点能 ...

多谢冰释大神

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-6 21:31

sobereva 发表于 2017-1-4 20:48
A.02假若不支持LC-wPBE，一开始就报错了。你用E或者D.01跑一次，如果正常，说明是A.02的bug

sober 老师，我优化文献上一个结构，文献值w=0.183；但是我优化了14圈了，J=0.002，依然没有收敛；但是w出现下降又上升又下降的趋势（如附件1所示），是不是可以确定w在0.1828-0.1830之间。
谢谢！

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-1-6 22:03

yezhonghua 发表于 2017-1-6 21:31
sober 老师，我优化文献上一个结构，文献值w=0.183；但是我优化了14圈了，J=0.002，依然没有收敛；但是w ...

由于Sob老师的程序采用的是基于Brent算法来最小化J^2的，一次次迭代有高低起伏是正常的，你等结果跑完即可。默认的收敛限下，最多跑个十七、八圈w值就收敛了

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-6 22:44

yezhonghua 发表于 2017-1-6 21:31
sober 老师，我优化文献上一个结构，文献值w=0.183；但是我优化了14圈了，J=0.002，依然没有收敛；但是w ...

可以确定。如果反复不收敛，可以在这个小区间里再用scan方式确定

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-7 20:52

sobereva 发表于 2017-1-6 22:44
可以确定。如果反复不收敛，可以在这个小区间里再用scan方式确定

谢谢sober老师，主要是我的体系150左右的原子，严格按照您的收敛规则来的话，耗时比较长。我用scan跑一下试试。
另外，还有出现情况是开始7圈是收敛的，第八圈的N-1.gjf是不收敛的；程序接着就跑第9圈了；这样的情况是否应该停止，重新对原gjf文件进行SCF收敛方面进行处理。谢谢！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-1-7 21:12

冰释之川发表于 2017-1-6 22:03
由于Sob老师的程序采用的是基于Brent算法来最小化J^2的，一次次迭代有高低起伏是正常的，你等结果跑完即 ...

谢谢，我发现开始跑8圈没有问题，第九圈的N-1.gjf突然说无法收敛，然后程序跑第10圈去了，这个不影响结果么？我感觉不收敛的情况下，不值得去跑第10圈吧。结果跑了20个小时都没有结束。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-7 21:46

yezhonghua 发表于 2017-1-7 20:52
谢谢sober老师，主要是我的体系150左右的原子，严格按照您的收敛规则来的话，耗时比较长。我用scan跑一下 ...

应该停止

如果能定位到0.1828-0.1830这样0.0001左右的精度，就已经足够了，没必要继续弄下去，可以scan一下再做确认确实是这个位置附近。

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-4-1 19:51

冰释之川发表于 2017-1-6 22:03
由于Sob老师的程序采用的是基于Brent算法来最小化J^2的，一次次迭代有高低起伏是正常的，你等结果跑完即 ...

请问一下使用OPTDFTw计算时 w收敛线为0.0001，输出文件中看是否收敛是看J值，还是J^2那？最后跑了16圈J=0.002，是不是代表没收敛，就在输入文件中加入scf=(tight,maxcycle=500)，这样做对吗？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-4-1 20:03

阳光总在风雨后发表于 2017-4-1 19:51
请问一下使用OPTDFTw计算时 w收敛线为0.0001，输出文件中看是否收敛是看J值，还是J^2那？最后跑 ...

看J^2是否达到最小值了。推荐用J^2指标

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-2 01:32

阳光总在风雨后发表于 2017-4-1 19:51
请问一下使用OPTDFTw计算时 w收敛线为0.0001，输出文件中看是否收敛是看J值，还是J^2那？最后跑 ...

scf=(tight,maxcycle=500)毫无意义。看此文
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
没收敛就继续等，几十圈都收敛不了，如果收敛精度已经足够满足需要了可以直接停掉，或者尝试换不同的初猜w值

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-4-5 08:31

sobereva 发表于 2017-4-2 01:32
scf=(tight,maxcycle=500)毫无意义。看此文
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva. ...

作业跑了14圈就结束了您说的继续跑是什么意思那？是这个圈数可以自己设定吗？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-4-5 09:05

阳光总在风雨后发表于 2017-4-5 08:31
作业跑了14圈就结束了您说的继续跑是什么意思那？是这个圈数可以自己设定吗？

首先你要说清楚是 SCF不收敛，还是w优化迭代在振荡。这是两码事

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-5-23 09:03

冰释之川发表于 2017-1-5 17:02
1. w值的优化肯定是基于优化好的基态构型坐标来找的。换句话说，你要在该结构下做一系列不同w值的单点能 ...

sober老师，请教一下我在基态优化好的基础上进行w值搜索，开始的N.gjf和N-1.gjf SCF都能收敛，但是N+1.gjf无法收敛，导致计算中断。说明我的基态优化结果应该是没有问题的。
因为我是在优化好基态的基础上进行w优化的，所以我需要重新优化基态结构么？还是对已经优化好的基态进行稍微的结构调整？谢谢sober老师

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-5-23 11:39

yezhonghua 发表于 2017-5-23 09:03
sober老师，请教一下我在基态优化好的基础上进行w值搜索，开始的N.gjf和N-1.gjf SCF都能收敛，但是N+1.gj ...

结构不变，SCF不收敛参考《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-5-23 13:36

冰释之川发表于 2017-5-23 11:39
结构不变，SCF不收敛参考《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61

谢谢！我用的表头是#p LC-wPBE/6-31g(d) SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12
基本上算是考虑到SCF不收敛的情况了。
我现在改成#p LC-wPBE/6-31g(d) nosymm SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12
如果不行的话，我可否成尝试改变一下优化后的结构？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-23 13:42

yezhonghua 发表于 2017-5-23 13:36
谢谢！我用的表头是#p LC-wPBE/6-31g(d) SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12
基本上算是考虑到SCF不 ...

博文里明确说了，这三个通常只对因为弥散函数导致的不收敛管用
绝对不要以为加了这三个就万事大吉了

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-5-23 13:46
本帖最后由冰释之川于 2017-5-23 13:48 编辑

yezhonghua 发表于 2017-5-23 13:36
谢谢！我用的表头是#p LC-wPBE/6-31g(d) SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12
基本上算是考虑到SCF不 ...

你w优化本身就是基于优化好的几何构型来执行的，什么叫“改变一下优化后的结构”，几何结构不能再动来动去了？如果你使用了某种方法SCF不收敛，那么换其他方法试试。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-5-23 21:14

冰释之川发表于 2017-5-23 13:46
你w优化本身就是基于优化好的几何构型来执行的，什么叫“改变一下优化后的结构”，几何结构不能再动来动 ...

谢谢大神，我按照sober老师的帖子再试试

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-5-23 21:15

sobereva 发表于 2017-5-23 13:42
博文里明确说了，这三个通常只对因为弥散函数导致的不收敛管用
绝对不要以为加了这三个就万事大吉了

谢谢sober老师，事实上，这几个加上去明显提升SCF收敛效果。

作者
Author: 石头 时间: 2017-5-24 17:24

yezhonghua 发表于 2017-1-5 11:10
sober老师，我换用09D版本的就没有问题了，可能还是版本的问题。
另外还要麻烦sober老师一下：
1、对于 ...

您好，请问您换到D版本都可以正常跑完了吗？我在调控W时也是出现和您类似的错误，我用的B版本。

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-11-4 18:14

sobereva 发表于 2017-1-6 22:44
可以确定。如果反复不收敛，可以在这个小区间里再用scan方式确定

sob老师您好！我在用optDFTw进行w值的计算时（在linux系统下），计算的不同的分子的w的值都是一样的，不知道问题怎么改。您看一下我的脚本有什么问题：
#! /bin/sh
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N BPy-p3C-wB97X-s0-1.gjf
#PBS -j oe

# Envrionment setting for Gaussian09
#
#PBS -o ${PBS_JOBNAME}.err
#PBS -l nodes=node20:ppn=20
#PBS -V
JOBNAME=${PBS_JOBNAME}
### FOR Gauss09 #####
export g09root=/public/software/Gaussian09
DATE=`date +"%R-%F-%A"`
WHOAMI=`whoami`_${PBS_JOBID}_${DATE}
mkdir /tmp/${WHOAMI}
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/$WHOAMI
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
#
# End of envrionment setting for Gaussian09

cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/${WHOAMI}
cd /tmp/${WHOAMI}

./optDFTw

cp -r /tmp/${WHOAMI}/*  $PBS_O_WORKDIR
rm -rf /tmp/${WHOAMI}

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-9 15:43

阳光总在风雨后发表于 2017-11-4 18:14
sob老师您好！我在用optDFTw进行w值的计算时（在linux系统下），计算的不同的分子的w的值都是一样的，不 ...

PBS的事我不清楚，如果最终结果都一样，那计算的估计是同一个分子。如果最终结构都和初猜结果一样，那根本没计算。

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-11-13 08:23

sobereva 发表于 2017-11-9 15:43
PBS的事我不清楚，如果最终结果都一样，那计算的估计是同一个分子。如果最终结构都和初猜结果一样，那根 ...

恩恩谢谢老师！

作者
Author: 510522199508287 时间: 2019-2-28 19:19

yezhonghua 发表于 2017-1-4 19:27
谢谢sober老师。
我采用高斯提供的联苯分子进行计算也出现上述问题，提示找不到阿尔法轨道本征值。
...

你好，我的跟你一样L502报错，怎么看版本呢， Gaussian 09: EM64L-G09RevA.01 这个是A版吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-1 00:21

510522199508287 发表于 2019-2-28 19:19
你好，我的跟你一样L502报错，怎么看版本呢， Gaussian 09: EM64L-G09RevA.01 这个是A版吗？

是

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

作者
Author: 510522199508287 时间: 2019-3-1 14:32

sobereva 发表于 2019-3-1 00:21
是

解决SCF不收敛问题的方法

谢谢老师，在找更高版本的gaussian

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)