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标题: 第一性原理分子动力学（拉伸、二面角旋转）如何在ORCA、CP2K等程序中实现 [打印本页]

作者
Author: liuxdhs 时间: 2024-9-26 09:38
标题: 第一性原理分子动力学（拉伸、二面角旋转）如何在ORCA、CP2K等程序中实现
本帖最后由 liuxdhs 于 2024-9-26 09:42 编辑

请问以下两种第一性原理分子动力学设置能否在Gaussian、ORCA或CP2K等程序中实现？

1. 第一性原理分子拉伸动力学（AISMD）

类似于一条分子链，施加端基原子力，使其进行拉伸。Sob老师有一篇博文（利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法 http://sobereva.com/594）里介绍了拉伸的方法，其中ORCA是具有EFEI的方式。但如果要做第一性原理动力学，如何实现呢？

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2. 在AIMD中进行二面角的旋转扫描

类似于柔性扫描，我们可以设置二面角的扫描。如何使用AIMD实现二面角的扫描呢？（此种情况使用静电力场，可在gromacs中实现）

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-26 10:02
可以将二面角定义成集合变量CV，然后定义CV改变速率

这个例子是距离约束，你可以举一反三改写成二面角（用$TORSION）随时间的变化
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作者
Author: liuxdhs 时间: 2024-9-26 10:22

sobereva 发表于 2024-9-26 10:02
可以将二面角定义成集合变量CV，然后定义CV改变速率

这个例子是距离约束，你可以举一反三改写成二面角（ ...

非常感谢sob老师的回复，我尝试一下。

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