计算化学公社

标题: 请问不同版本的gromacs计算同一个模型数据有区别吗？ [打印本页]

作者
Author: xxx127 时间: 2024-9-26 13:16
标题: 请问不同版本的gromacs计算同一个模型数据有区别吗？
在跑完mdrun之后进行SASA等计算时2018.8和2020.6数据一样，但不清楚不同版本进行mdrun时数据是否一致（因为想用2020.6续跑2018.8跑了一部分的模型）。

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-9-26 15:57
看对“数据一致”具体怎么定义，一般来说不同版本跑出来的结果能做到定性一致
但即使是用同一个版本，同样的随机数种子，两次模拟也不一定能完全精准地复现 http://bbs.keinsci.com/thread-30143-1-1.html

作者
Author: xxx127 时间: 2024-9-26 18:02

Seyilaxa 发表于 2024-9-26 15:57
看对“数据一致”具体怎么定义，一般来说不同版本跑出来的结果能做到定性一致
但即使是用同一个版本，同样 ...

那请问我可以用2020.6续跑2018.8跑了一部分的模型嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-26 22:37

xxx127 发表于 2024-9-26 18:02
那请问我可以用2020.6续跑2018.8跑了一部分的模型嘛

一个版本算轨迹，一个版本做分析，这都可以，但一个轨迹两部分用不同版本程序跑我不推荐，文章里解释起来麻烦，容易遭到审稿人吐槽

作者
Author: xxx127 时间: 2024-9-27 13:45

sobereva 发表于 2024-9-26 22:37
一个版本算轨迹，一个版本做分析，这都可以，但一个轨迹两部分用不同版本程序跑我不推荐，文章里解释起来 ...

知道了，感谢老师！

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