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标题: 使用简单的python代码绘制能量折线图 [打印本页]
作者
Author: chuan437    时间: 2024-9-26 14:33
标题: 使用简单的python代码绘制能量折线图
本帖最后由 chuan437 于 2024-9-28 11:06 编辑

今天这里介绍一段很简单的python代码来绘制能量折线图。

脚本使用说明：
这里最需要注意的是设置list0，其中存储了你的一系列能量。
出图的效果如下图，其中有些设置（例如线型，颜色等）可参照注释自行调整。

代码见附件，绘制能量折线图.py。推荐在jupyter notebook中运行该脚本。
代码如下：

  1. import matplotlib.pyplot as plt

  3. # 假设list0是你的能量列表
  4. list0 = [-685.2534481,-685.3582154,-685.253315]

  6. # 对list0进行处理，得到绘图采用的list1
  7. list1=[]
  8. for i in list0:
  9.     list1.append(i)
  10.     list1.append(i)

  12. # 反应坐标，例如，可以是反应进度或者时间
  13. # 这里我们使用索引作为反应坐标
  14. reaction_coordinates = list(range(len(list1)))

  16. h=(max(list0)-min(list0))*0.05
  17. # 绘制能量折线图
  18. plt.figure(figsize=(10, 5))  # 设置图形的大小
  19. # 绘制连接平台的折线
  20. plt.plot(reaction_coordinates, list1, marker='o', color='red', linestyle='--',label='Energy Change')

  22. # 绘制平台
  23. reaction_coordinates1=[i+1 for i in reaction_coordinates]


  26. for i in range(len(list1)-1):
  27.     if i % 2 == 0:
  28.         plt.hlines(list1[i], reaction_coordinates[i], reaction_coordinates1[i], lw=5, color='black', label='Energy Level' if i==0 else "")
  29.         plt.text(reaction_coordinates[i]+0.5,list1[i]-h, f'{list1[i]:.5f}', ha='center', va='top')

  31. plt.ylim(min(list1) - 5*h, max(list1) + 5*h)
  32. plt.grid(True) #显示网格线
  33. plt.xlabel('Reaction Coordinate')  # 设置x轴标签
  34. plt.xticks([])
  35. plt.ylabel('Energy (Hatree)')  # 设置y轴标签
  36. plt.legend()  # 显示图例
  37. # plt.tight_layout()  # 自动调整子图参数，使之填充整个图像区域
  38. plt.show()  # 显示图形
复制代码



作者
Author: renzhogn424    时间: 2024-9-26 21:10
我试了下，能画出来，不过会报错，不知道哪里不对。
---> 25         plt.hlines(list1, reaction_coordinates, reaction_coordinates+1, lw=5, color='black', label='Energy Level' if i==0 else "")
     26         plt.text(reaction_coordinates+0.5,list1-h, f'{list1:.5f}', ha='center', va='top')
     28 plt.ylim(min(list1) - 5*h, max(list1) + 5*h)

TypeError: can only concatenate list (not "int") to list
作者
Author: chuan437    时间: 2024-9-27 07:39
renzhogn424 发表于 2024-9-26 21:10
我试了下，能画出来，不过会报错，不知道哪里不对。
---> 25         plt.hlines(list1, reaction_coordin ...

有可能是python或matplotlib版本的问题，我机器上运行没有这个错误
作者
Author: 乐平    时间: 2024-9-27 09:04
renzhogn424 发表于 2024-9-26 21:10
我试了下，能画出来，不过会报错，不知道哪里不对。
---> 25         plt.hlines(list1, reaction_coordin ...

从报错的信息来看，可能你输入的不是列表，而是单个整数值
作者
Author: chuan437    时间: 2024-9-28 10:03
本帖最后由 chuan437 于 2024-9-28 10:31 编辑

社长你好：

我仔细检查了一下，我发现把代码复制到帖子里时，中括号和其内部的内容被自动删除了。这是代码出现错误的原因。
请问这是为什么？



作者
Author: 王二葛    时间: 2024-9-28 10:52

点“<>”图标插入代码

  1. import matplotlib.pyplot as plt

  3. # 假设list0是你的能量列表
  4. list0 = [-685.2534481,-685.3582154,-685.253315]

  6. # 对list0进行处理，得到绘图采用的list1
  7. list1=[]
  8. for i in list0:
  9.     list1.append(i)
  10.     list1.append(i)

  12. # 反应坐标，例如，可以是反应进度或者时间
  13. # 这里我们使用索引作为反应坐标
  14. reaction_coordinates = list(range(len(list1)))

  16. h=(max(list0)-min(list0))*0.05
  17. # 绘制能量折线图
  18. plt.figure(figsize=(10, 5))  # 设置图形的大小
  19. # 绘制连接平台的折线
  20. plt.plot(reaction_coordinates, list1, marker='o', color='red', linestyle='--',label='Energy Change')

  22. # 绘制平台
  23. reaction_coordinates1=[i+1 for i in reaction_coordinates]


  26. for i in range(len(list1)-1):
  27.     if i % 2 == 0:
  28.         plt.hlines(list1[i], reaction_coordinates[i], reaction_coordinates1[i], lw=5, color='black', label='Energy Level' if i==0 else "")
  29.         plt.text(reaction_coordinates[i]+0.5,list1[i]-h, f'{list1[i]:.5f}', ha='center', va='top')

  31. plt.ylim(min(list1) - 5*h, max(list1) + 5*h)
  32. plt.grid(True) #显示网格线
  33. plt.xlabel('Reaction Coordinate')  # 设置x轴标签
  34. plt.xticks([])
  35. plt.ylabel('Energy (Hatree)')  # 设置y轴标签
  36. plt.legend()  # 显示图例
  37. # plt.tight_layout()  # 自动调整子图参数，使之填充整个图像区域
  38. plt.show()  # 显示图形
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