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标题: 请问是否有只需要序列就可以批量对接的软件或者程序分享？ [打印本页]

作者
Author: Yothy 时间: 2024-9-26 15:23
标题: 请问是否有只需要序列就可以批量对接的软件或者程序分享？
最近要做一个批量的粗略对接，是否能在只有序列的情况下与一个结构确定的小分子实现批量对接？有没有相关的软件或者程序？

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-9-26 16:03
本帖最后由 Loading0760 于 2024-9-26 16:20 编辑

国外的最新的一个平台-Chai Discovery (https://www.chaidiscovery.com/)
可以通过序列预测蛋白质结构, 还可以添加配体(SMILES格式)一起预测.
之前我测试的时候,甚至给出了共价结合的结构模型. 模型也开源了,你只需要git到本地就能部署,可以实现批量.但是跑的时候需要将近32 GB的显存

我提点其他的可能性,其实这个问题就两个,一个是已知序列,一个是批量对接.
已知序列肯定要转化成结构,这个就可以借助同源建模工具,例如,AlphaFold3,考虑到你是批量,可以试试本地部署AlphaFold2

第二个是对接,手动对接的话,我用的是Autodock Vina.不同蛋白的结合口袋坐标不一样,如果你这些蛋白质都有特征的氨基酸可以定位口袋,那可以根据这些氨基酸来定位,如果没有的话,你又得一个个确认口袋了,好像有点麻烦了.有很多平台,提供无口袋的对接,例如 : https://www.neotrident.com/platform/maxflow.html ,但是这种的就得一个个点了.

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