计算化学公社

标题: 求助：我导入的原子电荷和原子类型出现了问题 [打印本页]

作者
Author: qq1966789 时间: 2024-9-26 15:39
标题: 求助：我导入的原子电荷和原子类型出现了问题
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)
我是按照这个网站上面的步骤来的，最后确认一下已定义的片段中的原子电荷和原子类型是否已经确实设好了，没有设好，请教各位老师看看，哪里出现了问题

我不管导入fch还是pdb都没有导入成功

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-27 00:15
又不提供输入文件，又不写操作步骤，没法回答

必然是操作方式或输入文件写法不对。先把博文里的例子完整重复一遍，搞清楚各个文件是干什么的、内容为什么那么写，以及Multiwfn里每一步操作的意义

作者
Author: qq1966789 时间: 2024-9-27 09:33

sobereva 发表于 2024-9-27 00:15
又不提供输入文件，又不写操作步骤，没法回答

必然是操作方式或输入文件写法不对。先把博文里的例子完整 ...

好的，谢谢社长回复,我那个fch文件有点大，只能压缩上传了，我先把fch文件拖入Multiwfn，
然后再
21 //能量分解
1 //基于力场的能量分解
3 //载入原子类型和原子电荷
再mollist.txt //分子列表文件的实际路径把拖入Multiwfn
再enter
然后
2 //定义片段
4 //将定义两个片段
1-14 //片段1包含的原子序号
15-28 //片段2包含的原子序号
29-42 //片段3包含的原子序号
43-56 //片段4包含的原子序号
最后选4确认原子电荷和原子类型是否已经确实设好
不清楚是哪里出现了问题

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-28 01:16

qq1966789 发表于 2024-9-27 09:33
好的，谢谢社长回复,我那个fch文件有点大，只能压缩上传了，我先把fch文件拖入Multiwfn，
...

你没上传mollist.txt里包含的文件，没法判断

作者
Author: qq1966789 时间: 2024-9-28 09:02

sobereva 发表于 2024-9-28 01:16
你没上传mollist.txt里包含的文件，没法判断

好的，谢谢社长回复,我已经上传了，mollist.txt的第一排上传了，下面四个只是创造的文件夹

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-28 09:18

qq1966789 发表于 2024-9-28 09:02
好的，谢谢社长回复,我已经上传了，mollist.txt的第一排上传了，下面四个只是创造的文件夹[/ ...

看不懂你的意思
mollist.txt内容是
C:\Users\ASUS\Desktop\C4H6N2O2\Dihydrouracil.txt 2
C:\Users\ASUS\Desktop\C4H6N2O2\A.txt 1
C:\Users\ASUS\Desktop\C4H6N2O2\B.txt 1
C:\Users\ASUS\Desktop\C4H6N2O2\C.txt 1
C:\Users\ASUS\Desktop\C4H6N2O2\D.txt 1

Dihydrouracil.txt里总共56个原子，和你的fch文件里56个原子对应，为什么把第一行的数目写成2？应当是1才对。而且A、B、C、D是当前体系里不存在的，写它们干嘛

作者
Author: qq1966789 时间: 2024-9-28 14:45

sobereva 发表于 2024-9-28 09:18
看不懂你的意思
mollist.txt内容是
C:%users\ASUS\Desktop\C4H6N2O2\Dihydrouracil.txt 2

好的，谢谢社长回复,我找您的建议改了后，删除了
C:\Users\ASUS\Desktop\C4H6N2O2\A.txt 1
C:\Users\ASUS\Desktop\C4H6N2O2\B.txt 1
C:\Users\ASUS\Desktop\C4H6N2O2\C.txt 1
C:\Users\ASUS\Desktop\C4H6N2O2\D.txt 1
把第一行的数目写成1
还是出了之前的问题，请您指导下，我还有哪些问题

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-28 22:06
把Dihydrouracil.txt放在C:\nouse目录下

当前mollist.txt内容为
C:\nouse\Dihydrouracil.txt 1

启动Multiwfn，载入DHURAC10_packing.fch，依次输入
21
1
3
mollist.txt的实际路径

然后选4查看当前原子信息，没任何问题：
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: qq1966789 时间: 2024-9-29 09:17

sobereva 发表于 2024-9-28 22:06
把Dihydrouracil.txt放在C:\nouse目录下

当前mollist.txt内容为

好的，谢谢社长回复,问题解决了

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