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标题: 虚拟机安装gromacs报错 [打印本页]

作者
Author: compume 时间: 2017-1-4 22:42
标题: 虚拟机安装gromacs报错
最近尝试在虚拟机上安装gromacs，在编译过程出了问题：

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.1 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw-3.3.5b/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/opt/fftw-3.3.5/include/" -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/g++ -DGMX_MPI=on -DGMX_GPU=OFF -DGMX_SIMD=AVX2_256

CMake Error at cmake/gmxManageSimd.cmake:271 (message):
  Cannot find AVX2 compiler flag.  Use a newer compiler, or choose AVX SIMD
  (slower).
Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:645 (gmx_manage_simd)

-- Configuring incomplete, errors occurred!

说是找不到AVX2指令集，如果我把SIMD换成AVX_256就可以完成编译了，但是据说这样速度会比较慢？
另外我的CPU是Intel i7-6500U的，应该包含有AVX2指令集吧？

求大神们指点迷津

作者
Author: compume 时间: 2017-1-4 22:52
哦虚拟机系统是CentOS6.5（不过这个应该没关系？），GCC版本是4.8.2，好像已经足够高了

以及按照网友提示，用如下方法检测了一下，应该可以说明是有avx2指令集的吧？
[local~] $gcc -march=native -Q --help=target|grep march
-march= core-avx2

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-4 22:54
不是CPU是否支持AVX2的问题，是你的系统里的编译器太老，不支持对AVX2优化，也不支持相应选项

作者
Author: compume 时间: 2017-1-4 23:08

sobereva 发表于 2017-1-4 22:54
不是CPU是否支持AVX2的问题，是你的系统里的编译器太老，不支持对AVX2优化，也不支持相应选项

那请问我应该怎么做呢sob大神……我需要更新哪些编译器？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-4 23:40

compume 发表于 2017-1-4 23:08
那请问我应该怎么做呢sob大神……我需要更新哪些编译器？

改成AVX_256就完了

作者
Author: compume 时间: 2017-1-5 00:00

sobereva 发表于 2017-1-4 23:40
改成AVX_256就完了

ok，弱弱问一句这个运行比AVX2会慢很多吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-5 00:20

compume 发表于 2017-1-5 00:00
ok，弱弱问一句这个运行比AVX2会慢很多吗？

不至于

作者
Author: compume 时间: 2017-1-5 09:56

sobereva 发表于 2017-1-5 00:20
不至于

多谢sob老师！

作者
Author: gkobebryant 时间: 2017-11-3 11:26
请问楼主你的问题怎么解决的，我在安装gromacs的时候也遇到了同样的问题，刚入门linux，具体怎么操作才能换成AVX_256，

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