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标题: 如何做蛋白质-蛋白质共价结合的复合体的动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: xiaoai 时间: 2024-9-27 17:06
标题: 如何做蛋白质-蛋白质共价结合的复合体的动力学模拟
想做一个蛋白复合体的动力学模拟，其中两个蛋白质存在一个硫酯键。看了一些帖子都是配体蛋白质共价连接，改为非标准残基。请问各位老师这种两个蛋白质共价连接该如何操作？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-28 00:15
方法不唯一，比如让一个蛋白质带上一个具有硫酯基的非标准残基，另一个蛋白的与之连接的那个残基作为少一个氢或其它基团的非标准残基，二者的itp创建出来后，再给主top文件里通过[intermolecular_interactions]字段设置两个蛋白质之间的成键相关的项

作者
Author: xiaoai 时间: 2024-10-8 16:56

sobereva 发表于 2024-9-28 00:15
方法不唯一，比如让一个蛋白质带上一个具有硫酯基的非标准残基，另一个蛋白的与之连接的那个残基作为少一个 ...

请问老师这种方法操作需要提前对结构处理吗因为我目前没有这两个蛋白共价连接的结构。那我是应该提前手动把两个氨基酸连接起来还是如何设置

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