计算化学公社

标题: CP2K进行NPT预平衡过程耗时非常长应该如何解决 [打印本页]

作者
Author: pangjiuchi 时间: 2024-9-27 19:04
标题: CP2K进行NPT预平衡过程耗时非常长应该如何解决
本帖最后由 pangjiuchi 于 2024-9-28 13:06 编辑

各位老师好
   我使用Gaussview和packmol构建了随机的初始模型，含有Si、Cr、C三种原子，总共约500个，建立的立方盒子，棱长是22埃左右。然后我没有进行结构优化，直接进行NPT预平衡，发现每一步都耗时很长。而且从目前的结果来看，温度始终在温度期望值以下100K左右，想请问一下与未结构优化是否有关，然后设置的参数是否有问题？因为一些原因，inp文件里面的原子和坐标信息、初始结构的pdb文件不方便展示。inp文件和ener文件有多个是因为进行了续算，谢谢各位老师。

2024/9/28更新
   附件的inp文件是Multiwfn创建的输入文件，基本都是默认设置，然后进行了2次续算，所以有3个，先后顺序是eq、eq1、eq2。ener文件是三次计算分别输出的温度、势能等结果。先后顺序是eq-1.ener、eq1-1.ener、eq2-1.ener。征求了老师的意见，初始结构的pdb文件可以展示，也在附件。T.png是温度走势，其中的横线是期望温度值，pot.png是势能走势。SCF每次都收敛很慢，而且从ener文件看，每次续算刚开始收敛就比较快，然后越来越慢。温度始终在期望值以下附近，温度比较高的时候SCF收敛的慢一点，温度低一点收敛就快一点。想问输入文件和结构里面哪里有硬伤，以后怎么避免这种问题。
   还有就是关于续算的问题，我每10步更新一次restart文件，然后跑到比如说217步这样不是10的整倍的步数，任务断掉了，就进行续算，续算的温度跟前面第210步是一样的，但是势能不一样，而且续算前几步的温度跟前面的第211、212、213等步骤都不一样，请问这样会有什么影响嘛？
尝试了社长在博文中提到的方法，还没有试出来，所以想请问一下，谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-28 00:20
坐标都不给，没法判断有什么硬伤
每个上传的文件都说清楚是什么
动力学过程每一步耗时长往往是SCF难收敛所致，注意监控，如果存在这个问题，看下文
CP2K中遇到SCF难收敛时的解决方法
http://sobereva.com/665（http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html）

作者
Author: 吞木木 时间: 2024-9-29 09:39
1. 500个原子对于AIMD来说本身就是很大的体系，慢点很正常
2. 涉及过渡金属元素的体系要慎重，不能直接上来跑，要不然结果可能没有说服性

作者
Author: pangjiuchi 时间: 2024-10-1 16:36
好的，谢谢两位老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)