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标题: 请问怎么用AmberTools中的leap批量生成结构？ [打印本页]

作者
Author: Yothy 时间: 2024-9-28 09:43
标题: 请问怎么用AmberTools中的leap批量生成结构？
sob老师分享的利用序列生成结构的方法中有一个方法：
5 AmberTools中的leap

知名的AmberTools（http://ambermd.org）程序里的leap可以用于根据氨基酸序列产生线型小肽的三维结构并保存成符合IUPAC命名规范的pdb文件。

参考手册或《Amber14安装方法》（http://sobereva.com/263）安装AmberTools后，在命令行窗口输入诸如tleap -f leaprc.protein.ff14SB即可启动纯文本界面的leap（tleap）且同时载入AMBER14SB力场相关的氨基酸的库文件。在里面可以输入比如如下命令定义一个序列，其中残基的N结尾和C开头分别代表N端和C端残基
TC5b = sequence { NASN LEU TYR ILE CGLN }
之后再运行以下命令就可以把序列以三维结构保存成/sob目录下的TC5b_linear.pdb了
savepdb TC5b /sob/TC5b_linear.pdb

是否能批量生成？可以分享一下怎么输入命令吗？谢谢！

作者
Author: student0618 时间: 2024-9-28 16:23
本帖最后由 student0618 于 2024-9-28 16:31 编辑

最简单的做法就把这几行放到同一个文件，比如

source leaprc.protein.ff14SB
aaa = sequence { NALA ALA CALA }
savepdb aaa aaa.pdb
fff = sequence { NPHE PHE CPHE }
savepdb fff fff.pdb
quit

复制代码

把文件保存为leap_genseq.in，然后tleap -f leap_genseq.in 就可以生成aaa.pdb和fff.pdb了。

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