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标题: openmpi安装运行问题 [打印本页]

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-6 09:15
标题: openmpi安装运行问题
我刚刚装了openmpi-1.10.2版本，按照网上的方法安装的，设置好环境变量之后运行了下，mpirun -np 4 hello_c，但是结果并没有4个进程，只有一个进程，却重复了4次;但在运行mpirun -np 4 hello_usempi.f90时，出现提示：mpirun noticed that the job aborted, but has no info as to the process that caused that situation。
请问这是什么原因？

作者
Author: archer 时间: 2017-1-6 12:58
你应该发下代码

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-6 16:37

archer 发表于 2017-1-6 12:58
你应该发下代码

我用了两个测试的例子，一个是程序自带的hello_c，还有一个是下载的hello_c,但出现的结果都是一样的。
#include <stdio.h>
#include "mpi.h"

int main(int argc, char* argv[])
{
int rank, size, len;
char version[MPI_MAX_LIBRARY_VERSION_STRING];

MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
MPI_Get_library_version(version, &len);
printf("Hello, world, I am %d of %d, (%s, %d)\n",
         rank, size, version, len);
MPI_Finalize();
}
另一个是
#include<stdio.h>
#include"mpi.h"

int main(int argc, char *argv[]){
         int totalTaskNum, rankID;

         int rt = MPI_Init(&argc, &argv);
         if(rt != MPI_SUCCESS){
                  printf("Error starting MPI.\n");
                  MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, rt);
         }

         MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &totalTaskNum);
         MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rankID);

         printf("Hellow, world! %dth of totalTaskNum = %d\n", rankID, totalTaskNum);

         MPI_Finalize();

         return 0;
}
程序应该没问题，因为在集群上运行是正常的。我对并行计算不太熟悉，只是看过一些mpi和openmp的资料，所以想问问是不是对单机安装有什么特殊的地方？

作者
Author: archer 时间: 2017-1-6 17:21
本帖最后由 archer 于 2017-1-6 17:29 编辑

每个进程应该输出一个hello，就是4个，你的输出是什么样的？Hello, world, I am 1 of 4, (Intel(R) MPI Library 5.0 Update 3 for Linux* OS
, 48)
Hello, world, I am 2 of 4, (Intel(R) MPI Library 5.0 Update 3 for Linux* OS
, 48)
Hello, world, I am 3 of 4, (Intel(R) MPI Library 5.0 Update 3 for Linux* OS
, 48)
Hello, world, I am 0 of 4, (Intel(R) MPI Library 5.0 Update 3 for Linux* OS
, 48)
应该没有问题

作者
Author: archer 时间: 2017-1-6 17:26
本帖最后由 archer 于 2017-1-6 17:29 编辑

编译：mpicc hello.c
运行 mpirun -np 4 ./a.out
mpirun -np 4 hello_c这既不是编译，也不是运行。

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-6 18:02
本帖最后由西乡新丰客于 2017-1-6 18:10 编辑

archer 发表于 2017-1-6 17:26
编译：mpicc hello.c
运行 mpirun -np 4 ./a.out
mpirun -np 4 hello_c这既不是编译，也不是运行。

编译后的文件hello_c,在例子中已经给出了，我用的是mpicc -o hello_c hello_c.c命令来编译的，而openmpi并行运行文件我在集群上一直都是这么做的不过集群上是fortran，用的是mpif90来并行的。我上面给出的是hello.c的文件，我现在不知道为什么会出现只有一个进程重复4次的情况，结果如下
Hellow, world! 0th of totalTaskNum = 1
Hellow, world! 0th of totalTaskNum = 1
Hellow, world! 0th of totalTaskNum = 1
Hellow, world! 0th of totalTaskNum = 1
谢谢

作者
Author: archer 时间: 2017-1-6 18:47
你的配置没有设置正确，按照教程再检查一遍看看，不行的话，我也没有办法，抱歉

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-6 21:00

archer 发表于 2017-1-6 18:47
你的配置没有设置正确，按照教程再检查一遍看看，不行的话，我也没有办法，抱歉

嗯，我再试试，谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-7 03:22
一次跳出来n个相同的有可能是环境变量的问题，你该检查一下which mpicc看看路径的指向是不是你安装的目录。

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-7 10:17
本帖最后由西乡新丰客于 2017-1-7 11:20 编辑

卡开发发发表于 2017-1-7 03:22
一次跳出来n个相同的有可能是环境变量的问题，你该检查一下which mpicc看看路径的指向是不是你安装的目录。

谢谢，which后不是我的安装目录，我的mpicc应该在/usr/local/openmpi/bin下，但which的路径是usr/bin/下，我重新安装了下，可以用了，但是还有两个问题：
1，我在重新安装时，config --prefix=/×××/×××/ 后面加上的F77=ifort 以及FC=ifort是在确定用的编译器么？但是，我的fortran编译器有gfortran以及ifort，但是当我加上这个F77=ifort FC=ifort参数后，会出现错误提示：是fortran编译器问题而不是openmpi的问题。然后就终止了。可是我的ifort -v是可以显示出版本号的，为什么还会说我的fortran编译器有问题？
2，我在网上下载的一个hello_c.c的程序mpicc 编译后mpirun执行可以显示出正确的进程结果。但是我用openmpi的example中的hello_c.c编译后还是错误的结果，就是一个进程显示np次。这又是为什么？（现在我which mpicc后的路径和我的安装路径是一样的了）。
谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-7 11:52

西乡新丰客发表于 2017-1-7 10:17
谢谢，which后不是我的安装目录，我的mpicc应该在/usr/local/openmpi/bin下，但which的路径是usr/bin/下 ...

1、configure的过程只是生成编译过程的用到的一些本机的信息。同样检查ifort的所有环境变量是否正确设置，把你的错误信息发来看看；
2、ifort不正常的话icc也够呛工作正常，尚不清楚原因。

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-7 15:56
本帖最后由西乡新丰客于 2017-1-7 21:21 编辑

卡开发发发表于 2017-1-7 11:52
1、configure的过程只是生成编译过程的用到的一些本机的信息。同样检查ifort的所有环境变量是否正确设置 ...

*** Fortran compiler
checking whether we are using the GNU Fortran compiler... no
checking whether ifort accepts -g... no
configure: WARNING: Open MPI now ignores the F77 and FFLAGS environment variables; only the FC and FCFLAGS environment variables are used.
checking whether ln -s works... yes
checking if Fortran compiler works... no
**********************************************************************
* It appears that your Fortran compiler is unable to produce working
* executables.  A simple test application failed to properly
* execute.  Note that this is likely not a problem with Open MPI,
* but a problem with the local compiler installation.  More
* information (including exactly what command was given to the
* compiler and what error resulted when the command was executed) is
* available in the config.log file in the Open MPI build directory.
**********************************************************************
configure: error: Could not run a simple Fortran program.  Aborting.
这就是在用./configure  --prefix=/***/  F77=ifort FC=ifort出现的提示，但我已經检查了一遍环境配置which ifort是我安装的目录。而且我的ifort可以编译*.f90的fortran文件，为什么还说我的ifort安装有问题？

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-7 16:06
本帖最后由西乡新丰客于 2017-1-7 21:04 编辑

卡开发发发表于 2017-1-7 11:52
1、configure的过程只是生成编译过程的用到的一些本机的信息。同样检查ifort的所有环境变量是否正确设置 ...

而且，现在我把openmpi的example中的hello_c.c文件cp到我的主目录～/下，再编译运行，就能得到正确的进程数了，但如果还在openmpi的目录下运行，还是会出现一个进程重复np次的情况。（说明下，我的openmpi装在了/usr/local/下，例子也就在/usr/local/openmpi/example下）而且我在修改路径时只修改了～/.bashrc，中的PATH和LIB，我想，问题是不是出在了只修改了用户主目录下的.bashrc而没有修改根目录下的环境变量，所以我又修改了/etc/profile中的PATH和LIB，但在openmpi目录下编译运行的结果还是同上面一样，这是为什么？

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-7 21:30

卡开发发发表于 2017-1-7 11:52
1、configure的过程只是生成编译过程的用到的一些本机的信息。同样检查ifort的所有环境变量是否正确设置 ...

还有一点，就是，我把/usr/local/openmpi/example下的*.f90的并行例子cp到主目录～/下用mpifort编译，然后用mpirun运行，是可以正常运行得出正确的进程数的。这和mpicc那个编译出现的问题一样，都是在根目录下没法正常运行，但到了主目录下就可以了，即使我也改变了根目录下/etc/profile内的路径，仍然会出现只有一个进程重复np次的情况。请问，这是为什么？谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-8 06:19
本帖最后由卡开发发于 2017-1-8 06:23 编辑

西乡新丰客发表于 2017-1-7 21:30
还有一点，就是，我把/usr/local/openmpi/example下的*.f90的并行例子cp到主目录～/下用mpifort编译，然 ...

哦，你有mpiifort，那看来环境变量有冲突，看看能否在bashrc或profile先注释掉intel的mpi的环境变量，然后再试试。

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-8 10:36

卡开发发发表于 2017-1-8 06:19
哦，你有mpiifort，那看来环境变量有冲突，看看能否在bashrc或profile先注释掉intel的mpi的环境变量，然 ...

抱歉，我没了解您的意思，man mpifort中说是openmpi中带的fortran编译器，我只在.bashrc和profile内设置了intel的ifort的路径，和openmpi的路径，我以前装过mpich但并没有设置环境变量，所以也没有用过mpich。我如果直接./configure --prefix=/*****/不加F77,FC参数，是可以成功配置的。
您让我注释掉inter的mpi环境变量，可我本来就没有写到bashrc和profile里去，这应该怎么办？谢谢

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-8 11:06

卡开发发发表于 2017-1-8 06:19
哦，你有mpiifort，那看来环境变量有冲突，看看能否在bashrc或profile先注释掉intel的mpi的环境变量，然 ...

我不是太明白您的意思，因为我并没有在.bashrc或者profile内写入过其他的mpi的环境变量。
我现在觉得问题可能是出在了在根目录下编译fortran程序时，只能用gfortran，只有在主目录～/下才可以用ifort来编译，但是以前我装gfortran时并没有写入过其路径，现在在.bashrc或者profile内也没有其路径，所以我想知道如何使得在根目录下可以用ifort来编译，而不用gfortran来编译。
谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-8 11:54

西乡新丰客发表于 2017-1-8 11:06
我不是太明白您的意思，因为我并没有在.bashrc或者profile内写入过其他的mpi的环境变量。
我现在觉得问 ...

实在不行私下联系，我远程看下好了，实在搞不定再说。

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-8 17:03

卡开发发发表于 2017-1-8 11:54
实在不行私下联系，我远程看下好了，实在搞不定再说。

好的，谢谢，我自己先试试

作者
Author: 西乡新丰客 时间: 2017-1-8 20:59
本帖最后由西乡新丰客于 2017-1-8 21:03 编辑

卡开发发发表于 2017-1-8 11:54
实在不行私下联系，我远程看下好了，实在搞不定再说。

麻烦您在看下：我将openmpi的路径写入～/.bashrc内source后，把/usr/local/openmpi/example下的*.f90的并行例子cp到主目录～/下用mpifort编译，然后用mpirun运行，是可以正常运行得出正确的进程数的，但是当我在根目录下编译时，是不能用mpifort来编译的，只能用mpif90来编译，而且编译后再用mpirun运行后会出现一个进程重复np次的情况。我又修改了根目录下/etc/profile内openmpi的路径，仍然会出现只有一个进程重复np次的情况。
我并没有在.bashrc或者profile内写入过其他的mpi的环境变量。（只有ifort和openmpi的路径。）
我觉得问题是不是在于在根目录下编译fortran程序时，只能用gfortran，而我的gfortran又并没有安装好，所以只有一个进程，重复了np次，而在主目录～/下，由于我在bashrc中写入来openmpi以及ifort的路径，所以可以用ifort来编译。而现在在根目录下仍然是只能用gfortran来编译串行的fortran程序，而不能用ifort来编译，会提示sudo：ifort找不到命令。我想，是不是只要我在根目录下能用ifort编译串行的fortran程序，就可以正确安装openmpi了。这之前出想的./configure --prefix=/***/ F77=ifort FC=ifort所出现的错误也就会没有了。我已經用root下source了/.bashrc以及/etc/profile还是没有用处。
另外有帖子说：“openmpi设置fortran编译器，通过 man mpif90查到在/usr/share/openmpi/mpif90-wrapper-data.txt里面修改配置，内容的话一看就知道了。”我也试过将mpifort-wrapper-data.txtcompiler中compiler参数修改为ifort也没有效果。

作者
Author: kinkeng 时间: 2017-4-16 17:51

西乡新丰客发表于 2017-1-7 21:30
还有一点，就是，我把/usr/local/openmpi/example下的*.f90的并行例子cp到主目录～/下用mpifort编译，然 ...

虽然不知道具体问题，我觉得可能是权限问题

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